Laboratori Integrat de Citogenètica
Codi: 42950 Crèdits: 9| Titulació | Tipus | Curs |
|---|---|---|
| 4313782 Citogenètica i Biologia de la Reproducció | OT | 0 |
Professor/a de contacte
- Nom:
- Javier del Rey Azpiri
- Correu electrònic:
- javier.delrey@uab.cat
Equip docent
- Joaquín Martí Clua
- Andreu Blanquer Jerez
- Andros Maldonado Linares
- Berta Nieves Vazquez Prat
- Maria Angels Rigola Tor
- Maria Oliver Bonet
- Aurora Manuela Ruiz-Herrera Moreno
- Ignasi Roig Navarro
- Albert Gubern Burset
Idiomes dels grups
Podeu consultar aquesta informació al final del document.
Prerequisits
No hi ha prerequisits per cursar aquest mòdul diferents dels necessaris per accedir a aquest màster.
Objectius
El mòdul "Laboratori Integrat de Citogenètica" és un mòdul pràctic obligatori de l'especialitat de Citogenètica. L’objectiu principal és proporcionar als estudiants les eines bàsiques per aplicar les tècniques de citogenètica que s’utilitzen en les laboratoris de diagnòstic genètic i en els laboratoris de recerca.
Els objectius formatius d’aquest mòdul són:
1- Adquirir l’habilitat de treballar en condicions estèrils per establir un cultiu cel·lular a partir del qual s’obtindran cèl·lules en diferents estadis mitòtics.
2- Identificar diferents tipus de contaminació present en cultius cel·lulars.
3- Obtenir talls histològics i aplicar diferents tincions.
4- Aprendre a utilitzar diferents tipus de microscopis: de camp clar, de fluorescència i de rastreig làser confocal.
5- Identificar els cromosomes humans segons el patró de bandes G i fer el cariotip. Detectar les alteracions d’aquest patró de bandes.
6- Detectar proteïnes i seqüències de DNA mitjançant tècniques d’immunocitofluorescència i d'hibridació in situ fluorescent (FISH), respectivament.
7- Identificar gens afectats en una regió del genoma i fabricar una sonda de DNA marcada amb un fluorocrom per aplicar les tècniques de FISH.
Competències
- Aplicar el mètode científic i el raonament crític en la resolució de problemes
- Aplicar els coneixements teòrics a la pràctica tant en un entorn de recerca com en els àmbits clínic i assitencial.
- Demostrar capacitat de treballar en equip i d'interaccionar amb professionals d'altres especialitats
- Dissenyar experiments, analitzar dades i interpretar-ne els resultats
- Dissenyar i executar protocols d'anàlisi en l'àmbit del màster.
- Fer servir la capacitat creativa, organitzativa i analítica en la presa de decisions
- Que els estudiants siguin capaços d'integrar coneixements i enfrontar-se a la complexitat de formular judicis a partir d'una informació que, tot i ser incompleta o limitada, inclogui reflexions sobre les responsabilitats socials i ètiques vinculades a l'aplicació dels seus coneixements i judicis
- Que els estudiants sàpiguen aplicar els coneixements adquirits i la seva capacitat de resolució de problemes en entorns nous o poc coneguts dins de contextos més amplis (o multidisciplinaris) relacionats amb la seva àrea d'estudi.
- Que els estudiants sàpiguen comunicar les seves conclusions, així com els coneixements i les raons últimes que les fonamenten, a públics especialitzats i no especialitzats d'una manera clara i sense ambigüitats
- Que els estudiants tinguin les habilitats d'aprenentatge que els permetin continuar estudiant, en gran manera, amb treball autònom a autodirigit
- Tenir coneixements que aportin la base o l'oportunitat de ser originals en el desenvolupament o l'aplicació d'idees, sovint en un context de recerca
- Utilitzar i gestionar informació bibliogràfica o recursos informàtics en l'àmbit del màster, en les llengües pròpies i en anglès.
Resultats d'aprenentatge
- Aplicar el mètode científic i el raonament crític en la resolució de problemes.
- Aplicar els coneixements teòrics a la pràctica tant en un entorn de recerca com en els àmbits clínic i assistencial.
- Aplicar les tècniques d'histologia en diferents teixits de l'organisme.
- Aplicar les tècniques d'immunocitofluorescència en diferents tipus cel·lulars.
- Aplicar les tècniques de citogenètica molecular en diferents tipus cel·lulars.
- Demostrar capacitat de treballar en equip i d'interaccionar amb professionals d'altres especialitats.
- Demostrar la capacitat de treballar en condicions d'esterilitat al laboratori de cultiu.
- Dissenyar experiments, analitzar dades i interpretar-ne els resultats.
- Fer servir la capacitat creativa, organitzativa i analítica en la presa de decisions.
- Que els estudiants siguin capaços d'integrar coneixements i enfrontar-se a la complexitat de formular judicis a partir d'una informació que, tot i ser incompleta o limitada, inclogui reflexions sobre les responsabilitats socials i ètiques vinculades a l'aplicació dels seus coneixements i judicis.
- Que els estudiants sàpiguen aplicar els coneixements adquirits i la seva capacitat de resolució de problemes en entorns nous o poc coneguts dins de contextos més amplis (o multidisciplinaris) relacionats amb la seva àrea d'estudi.
- Que els estudiants sàpiguen comunicar les seves conclusions, així com els coneixements i les raons últimes que les fonamenten, a públics especialitzats i no especialitzats d'una manera clara i sense ambigüitats.
- Que els estudiants tinguin les habilitats d'aprenentatge que els permetin continuar estudiant d'una manera que haurà de ser en gran mesura autodirigida o autònoma.
- Reconèixer les diferents accions que es poden dur a terme en un microscopi làser confocal.
- Relacionar la informació obtinguda de les diferents bases de dades en línia sobre la seqüència i localització genòmica.
- Tenir coneixements que aportin la base o l'oportunitat de ser originals en el desenvolupament o l'aplicació d'idees, sovint en un context de recerca.
- Utilitzar i gestionar informació bibliogràfica o recursos informàtics en l'àmbit del màster, en les llengües pròpies i en anglès.
Continguts
1. Actualització en tècniques histològiques
Desenvolupament de la tècnica histològica: inclusió i microtomia.
Tincions en talls histològics.
Immunofluorescència.
Citometria de flux.
Visualització microscòpica i digitalització d’imatges.
Processat d’imatges mitjançant Photoshop.
2. Cultiu cel·lular, hibridació in situ fluorescent (FISH) i immunocitofluorescència
Cultius per l’obtenció de cromosomes metafàsics.
Cultius per la immunodetecció fluorescent de proteïnes.
Elaboració de sondes FISH a partir de BACs i YACs.
Hibridació in situ fluorescent en diferents tipus de mostres .
Detecció de contaminació en cultius.
3. Microscòpia de rastreig làser confocal
Fonaments de la Microscòpia de Fluorescència i Confocal
Preparació de mostres per fluorescència
Captació d'imatges al Microscopi Confocal
Processament d’imatges mitjançant Fiji
4. Identificació cromosòmica: cariotip
Identificació dels cromosomes humans segons el patró de bandes G
Alteracions cromosòmiques
Nomenclatura citogenètica
Activitats formatives i Metodologia
| Títol | Hores | ECTS | Resultats d'aprenentatge |
|---|---|---|---|
| Tipus: Dirigides | |||
| Actualització en tècniques histològiques | 20 | 0,8 | 3, 2, 1, 8, 6 |
| Cultiu cel·lular, hibridació in situ fluorescent (FISH) i immunocitofluorescència | 35 | 1,4 | 4, 2, 1, 5, 7, 8, 6, 11, 17 |
| Identificació cromosòmica: cariotip | 5 | 0,2 | 2, 10, 6, 11, 17 |
| Microscòpia de rastreig làser confocal | 10 | 0,4 | 2, 8, 14, 6 |
| Tipus: Supervisades | |||
| Preparació de la composició fotogràfica | 5 | 0,2 | 13, 11, 17 |
| Preparació dels informes de pràctiques | 15 | 0,6 | 2, 12, 13, 10, 6, 11, 16, 9 |
| Preparació dels problemes i casos pràctics | 10 | 0,4 | 2, 1, 12, 13, 8, 10, 6, 11, 16, 17, 9 |
| Tutories personalitzades | 30 | 1,2 | 12, 13, 10, 11 |
| Tipus: Autònomes | |||
| Elaboració dels informes dels resultats de les pràctiques | 20 | 0,8 | 12, 13, 8, 10, 6, 16, 17, 9 |
| Estudi | 63 | 2,52 | 12, 13, 10, 11, 16, 17, 9 |
| Resolució de casos pràctics o problemes | 12 | 0,48 | 2, 1, 12, 13, 7, 8, 10, 6, 11, 16, 17, 9 |
El Mòdul "Laboratori integrat de citogenètica" és bàsicament pràctic, distribuit en 4 blocs. Comptarà amb la realització de pràctiques al laboratori i al Servei de Microscòpia de la UAB.
Nota: es reservaran 15 minuts d'una classe, dins del calendari establert pel centre/titulació, per a la complementació per part de l'alumnat de les enquestes d'avaluació de l'actuació del professorat i d'avaluació de l'assignatura/mòdul.
Avaluació
Activitats d'avaluació continuada
| Títol | Pes | Hores | ECTS | Resultats d'aprenentatge |
|---|---|---|---|---|
| Actualització en tècniques histològiques | 29% | 0 | 0 | 3, 1, 13, 6, 11, 17 |
| Cultiu cel·lular, hibridació in situ fluorescent i immunocitofluorescència | 50% | 0 | 0 | 4, 2, 1, 5, 12, 13, 7, 8, 15, 10, 6, 11, 16, 17, 9 |
| Identificació cromosòmica: cariotip | 7% | 0 | 0 | 2, 12, 13, 10, 11, 17 |
| Microscòpia de rastreig làser confocal | 14% | 0 | 0 | 2, 1, 12, 13, 10, 14, 6, 11, 17 |
Per superar el mòdul caldrà obtenir una qualificació global de 5 punts d'un màxim de 10.
L'assistència a les sessions pràctiques és obligatòria. L'alumnat obtindrà la qualificació de "No Avaluable" quan l'absència sigui superior al 20% de les sessions programades.
La qualificació final resulta de la suma ponderada de la nota de cada bloc d’avaluació. El pes de cada bloc d’avaluació és proporcional al temps dedicat a les sessions programades per realitzar aquestes activitats. En cadascun dels blocs, l’actitud i la participació activa representa un 10% de la nota.
Les competències d’aquesta matèria seran avaluades mitjançant:
1. Actualització en tècniques histològiques (29% de la nota del mòdul):
- Aprofitament de les sessions pràctiques (10%)
- Entrega individual d’un informe i qüestionari (45%)
- Realització d'una composició fotogràfica utilitzant el programa Photoshop (45%).
2. Cultiu cel·lular, hibridació in situ fluorescent i immunocitofluorescència (50% de la nota del mòdul):
- Aprofitament de les sessions pràctiques (10%)
- Entrega d’un informe amb els resultats obtinguts mitjançant l'aplicació d'aquestes tècniques (90%)
3. Microscòpia de rastreig làser confocal (14% de la nota del mòdul):
- Aprofitament de les sessions pràctiques (10%)
- Realització d'un examen escrit (90%).
4. Identificació cromosòmica: cariotip (7% de la nota del mòdul):
- Aprofitament de les sessions pràctiques (10%)
- Resolució de cariotips normals i alterats amb el programa “Human Karyolab” (40%)
- Resolució i entrega de cariotips amb anomalies, indicant la fórmula, característiques clíniques de l’anomalia i risc de tenir descendència afectada (50%)
Recuperació
El mòdul “Laboratori integrat de citogenètica”, al ser eminentment pràctic, no permet l’existència de proves de recuperació, llevat que a títol personal, el professorat responsable del bloc de pràctiques, amb el vistiplau de la coordinadoció del mòdul, pugui programar una recuperació.
En el supòsit que l’alumnat pugui participar a la recuperació, ha d'haver estat prèviament avaluat en un conjunt d'activitats el pes de les quals equivalgui a un mínim de dues terceres parts de la qualificació total del mòdul. Per tant, l'alumnat obtindrà la qualificació de "No Avaluable" quan les activitats d'avaluació realitzades tinguin una ponderació inferior al 67% en la qualificació final.
Qualificació de "No Avaluable"
L'alumnat obtindrà la qualificació de "No Avaluable" quan:
- L'absència sigui superior al 20% de les sessions programades.
- Quan les activitats d'avaluació realitzades tinguin una ponderació inferior al 67% en la qualificació final.
Bibliografia
Llibres
- Animal Cell Culture Methods. Methods in Cell Biology.J.P. Mather and D. Barnes Eds. Academic Press. 1998
- Cell and Tissue Culture: Laboratory procedures in biotechnology.A. Doyle and J.B. Griffiths Eds. JohnWiley & Sons Ltd. 1999
- Culture of animal cells. A manual of basic technique (6th ed.) RI Freshney. Wiley-Liss, 2010
- Cytogenetic and genome research. RH Martin. Karger,2002
- Chromosome Abnormalities and genetic counseling (3rd ed). RJ McKinlay & GR Sutherland, Oxford University Prees, 2004
- ISCN 2016. An International System for Human Cytogenomic Nomenclature (2016). McGowan-Jordan J, Simons A, Schmid M, editors. Karger. 2016
- Theory and Practice of Histological Techniques (sixth edition). John D. Bancroft, Churchill Livingstone. Elsevier. 2008
Webs
- 29 Mammals Project - http://www.broadinstitute.org/scientific-community/science/projects/mammals-models/mammalian-genome-project
- Cytogenetic Resources http://www.kumc.edu/gec/prof/cytogene.html
- Discover Life - http://www.discoverlife.org/mp/20m?tree=Life&flags=all
- Ensembl - http://www.ensembl.org/index.html
- GeneReviews - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/GeneTests/review?db=GeneTests
- Genetics Home Reference - http://ghr.nlm.nih.gov/ghr/page/Home
- Genome 10K Project - http://genome10k.soe.ucsc.edu/
- Molecular Expressions. https://micro.magnet.fsu.edu/
- Olympus. Microscopy Resource Center. https://www.olympus-lifescience.com/en/microscope-resource/
- Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM
- Orphanet - http://www.orpha.net/consor/cgi-bin/home.php?Lng=ES
- PubMed - http://www.kumc.edu/gec/prof/cytogene.html
- The National Center for Biotechnology Information - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
- TIMETREE - http://timetree.org/index.php
- UCSC Genome Bioinformatics Site - http://genome.ucsc.edu/
- University of Wisconsin - http://www.slh.wisc.edu/wps/wcm/connect/extranet/cytogenetics
- Zeiss Campus. http://zeiss-campus.magnet.fsu.edu/
La bibliografia específica corresponent als diversos continguts del mòdul podrà ser sol·licitada als professors responsables d'impartir cadascuna de les parts.
Programari
ISIS image acquisition software: (MetaSystems, Altlussheim, Germany).
Ikaros image acquisition software: (MetaSystems, Altlussheim, Germany).
ImageJ: Schneider CA, Rasband WS, Eliceiri KW. "NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis". Nature Methods 9, 671-675, 2012.
Karyolab: Gibbons NJ, Evans C, Griffin DK. ” Learning to karyotype in the university environment: a computer-based virtual laboratory class (KaryoLab) designed to rationalize time for the tutor/researcher and to encourage more students to engage in cytogenetics”. Cytogenet Genome Res 101:1–4 (2003). https://doi.org/10.1159/000073409
Adobe Photoshop
Microsoft office
Llista d'idiomes
| Nom | Grup | Idioma | Semestre | Torn |
|---|---|---|---|---|
| (PAULm) Pràctiques d'aula (màster) | 1 | Català | segon quadrimestre | matí-mixt |
| (PLABm) Pràctiques de laboratori (màster) | 1 | Català/Espanyol | segon quadrimestre | matí-mixt |