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Biología Estructural

Código: 107534 Créditos ECTS: 6
2024/2025
Titulación Tipo Curso
2500253 Biotecnología OT 4

Contacto

Nombre:
Ester Boix Borras
Correo electrónico:
ester.boix@uab.cat

Equipo docente

Alejandro Peralvarez Marin
Marc Torrent Burgas
Nuria Benseny Cases
(Externo) Fernando Gil

Idiomas de los grupos

Puede consultar esta información al final del documento.


Prerrequisitos

El estudiante debe haber superado las asignaturas Técnicas instrumentales básicas, Técnicas instrumentales avanzadas y Química e Ingeniería de proteínas.


Objetivos y contextualización

El objetivo general de la asignatura es el estudio estructural y funcional de las macromoléculas biológicas.

La asignatura incluye una descripción de las técnicas actuales de resolución y predicción de la estructura tridimensional de macromoléculas biológicas, así como las metodologías experimentales y computacionales para el estudio de su comportamiento dinámico y funciones.

Se dará máxima prioridad a la aplicación práctica de la materia impartida, de modo que los estudiantes puedan experimentar ellos mismos las técnicas descritas y simular el comportamiento de las macromoléculas y sus complejos en un contexto biológico.

Finalmente, el análisis estructural -funcional de macromoléculas y la predicción de complejos supramoleculares se aplicará a ejemplos prácticos de identificación de las bases moleculares de enfermedades y al diseño de fármacos.


Resultados de aprendizaje

  1. CM25 (Competencia) Trabajar en equipo y de forma colaborativa para la resolución de problemas en el ámbito de la biología de sistemas.
  2. KM25 (Conocimiento) Describir las bases físicas y químicas de la metodología e instrumentación utilizada en el análisis genómico, transcriptómico, proteómico, interactómico y metabolómico.
  3. KM25 (Conocimiento) Describir las bases físicas y químicas de la metodología e instrumentación utilizada en el análisis genómico, transcriptómico, proteómico, interactómico y metabolómico.
  4. SM24 (Habilidad) Modelizar de forma cuantitativa un proceso o sistema biológico.
  5. SM24 (Habilidad) Modelizar de forma cuantitativa un proceso o sistema biológico.
  6. SM25 (Habilidad) Analizar la información de bases de datos y software necesario para el estudio de las correlaciones entre estructura, función y evolución de macromoléculas.

Contenido

TEORÍA

Tema 1. Técnicas microscópicas avanzadas.

Criomicroscopia electrónica, criotomografía; determinación de la estructura de partículas únicas; microscopia electrónica de transmisión, microscopia electrónica de rastreo. Microscopia de fuerza atómica y de efecto túnel; espectroscopia de fuerzas; nanotribiología. Aplicaciones en Biotecnología y Biomedicina.

Tema 2. Aplicaciones biológicas de la radiación de sincrotrón.

Aplicaciones biológicas de la radiación de sincrotrón. Introducción a la producción y características de la luz sincrotrón. Microscopia de rayos X y de infrarrojo: introducción a la técnica y aplicaciones en Biomedicina.

Tema 3. Cristalografía de rayos X y aplicaciones

Fundamentos teóricos básicos de la determinación de la estructura tridimensional de macromoléculas por cristalografía y difracción de rayos X; métodos de cristalización; propiedades de los cristales; proceso de datos de difracción y reconstrucción del modelo 3D. Herramientas para el análisis de regiones funcionales en macromoléculas.

Tema 4. Herramientas bioinformáticas aplicadas al análisis estructural de macromoléculas.

Introducción al sistema operativo Unix. Bases de datos. Métodos de comparación de estructuras. Cálculo de los parámetros biofísicos y estructurales. Estudio de complejos estructurales. Identificación de dominios funcionales. Aplicaciones gráficas para el análisisyvisualización de macromoléculas. Modelado y dinámica de macromoléculas. Aplicaciones para el diseño de fármacos.

PROBLEMAS

Se propondrá la resolución de problemas prácticos que facilitarán la consolidación de los conceptos teóricos impartidos. Buena parte de las clases de problemas se impartirán en el aula de informática, donde se aplicarán entre otros programas de predicción y análisis estructural.

PRÁCTICAS

Se realizarán 3 sesiones de Prácticas

1ª sesión: Prácticas de aplicaciones informáticas a la resolución de estructuras por Microscopia Electrónica en el laboratorio de la Unidad de Biofísica.

2ª sesión: Prácticas de resolución de estructuras tridimensionales por Cristalografía de rayos X en el aula de informática SID.

3ª sesión: Prácticas de análisis de regiones funcionales en macromoleculas en el Aula informática SID.

SEMINARIO

Se prevé incluir un seminario especializado.

SALIDA DE CAMPO:

Visita guiada al laboratorio de Luz de sincrotrón ALBA. Seminario a cargo del Dr. Fernando Gil y explicación del funcionamiento de las estaciones: BL-09, Microscopia de rayos X; BL-11, Difracción no cristalina y BL-13, Cristalografía de macromoléculas.

Tutorías

Se podrán realizar sesiones de tutorías durante el semestre. El objetivo de estas sesiones es el de resolver dudas y repasar conceptos.


Actividades formativas y Metodología

Título Horas ECTS Resultados de aprendizaje
Tipo: Dirigidas      
Clases magistrales 30 1,2 KM25, SM24, SM25, KM25
Tipo: Supervisadas      
Problemas 10 0,4 KM25, SM25, KM25
Prácticas 9 0,36 CM25, SM25, CM25
Tipo: Autónomas      
Resolución de casos prácticos 41 1,64 CM25, KM25, SM25, CM25
Trabajo autónomo 52,5 2,1 CM25, SM24, SM25, CM25

Clases de teoría

El profesor explicará los contenidos del programa con el apoyo de material audiovisual que estará disponible para los estudiantes en el Campus Virtual de la asignatura. Este material de apoyo se escribirá en catalán, castellano o inglés.

Opcionalmente, especialistas en el campo impartirán seminarios.

Clases de problemas

A lo largo del curso se destinarán 8 horas en clases de problemas. Las clases incluyen sesiones en la sala de ordenadores.

 

Prácticas

Se realizarán visitas guiadas a grandes instalaciones con equipos especializados. El protocolo de prácticas se colgará en el Moodle/Campus Virtual antes de la sesión práctica.

Las clases de prácticas incluiran también sesiones en el aula de informática.

Los alumnos deben presentarse a la práctica con el protocolo de prácticas (disponible en el Campus Virtual) impreso y leído previamente y un cuaderno para anotar observaciones y datos obtenidos.

Las prácticas, así como su evaluación, se llevarán a cabo individualmente o en grupos de dos personas. La asistencia a prácticas es obligatoria, excepto en los casos que exista una razón justificada demostrable.

Tutorias

Se podrán realizar varias sesiones de tutoría durante el semestre. El objetivo de estas sesiones es resolver dudas y revisar conceptos con un alto nivel de dificultad.

 

 

Nota: se reservarán 15 minutos de una clase dentro del calendario establecido por el centro o por la titulación para que el alumnado rellene las encuestas de evaluación de la actuación del profesorado y de evaluación de la asignatura o módulo.


Evaluación

Actividades de evaluación continuada

Título Peso Horas ECTS Resultados de aprendizaje
Evaluación Problemas 15% 1,25 0,05 CM25, KM25, SM25
Evaluación Prácticas 15% 1 0,04 KM25, SM24, SM25
Evaluación prueba teórica 1o +2o parcial 70% 5,25 0,21 KM25, SM24, SM25

La calificación se basará en los siguientes elementos:

 

1-    Prueba final de contenido teórico: un máximo de 7 puntos

2-    Presentación de informes de problemas: máximo 1,5 puntos

3-    Participación en las prácticas: máximo 1,5 puntos

 

Se podran incluir tareas para entregar de cualquiera de las tres tipologías (teoría, problemas y prácticas).

El contenido del curso se evaluará en dos parciales.

El peso proporcional en la nota final para cada uno de los temas será proporcional al número de horas impartidas por cada profesor.

El tema será superado cuando la nota final sea igual o mayor de 50 para un máximo de 100.

 

Otras consideraciones

 

Los estudiantes que no pueden asistir a una prueba de evaluación individual por una causa justificada deberán proporcionan documentación oficial al Coordinador/a de la asignatura y tendrán derecho a realizar la prueba en cuestión en una fecha diferente.

Para participar en la recuperación, el alumnado debe haber estado previamente evaluado en un conjunto de actividades el peso de las cuales equivalga a un mínimo de dos terceras partes de la calificación total de la asignatura o módulo. Por tanto, el alumnado obtendrá la calificación de "No Avaluable" cuando las actividades de evaluación realizadas tengan una ponderación inferior al 67% en la calificación final.

Normativa para subir Nota:

 

Es posible mejorar la nota de los exámenes parciales en ocasión del examen de recuperación. Se considerará la segunda nota obtenida si esta essuperior a la obtenida en la primera prueba.

En caso de que la nota obtenida en la segunda oportunidad sea inferior en 1 punto o más a la primera nota, se considera que la nota final es el promedio de las dos notas.

El estudiante tendrá 10 minutos al inicio de la prueba para decidir si desea o no realizar la prueba.

Para la adjudicación de la calificación de Matrícula de Honor se dará prioridad a las notes obtenidas en exámenes parciales.

 

Cálculo de la nota final

Nota final = 0,70 *Teoría + 0.15 *Problemas + 0.15 *Prácticas

 

 

Para aprobar la asignatura la nota final debe ser 5

 

 

Evaluación única:

 

El alumnado que se acoja a la evaluación única debe realizar de forma presencial obligatoria todas las sesiones de prácticas de laboratorio, prácticas en el aula de informática y salida de campo (visita al sincrotrón).

La evaluación única consiste en una prueba de síntesis única (con preguntas de formato variable sobre los contenidos de las sesiones de todas las tipologías). Todas las tareas encargadas durante el curso deberán entregarse o durante la sesión correspondiente o el día del examen final.

La prueba de evaluación única se hará coincidiendo con la fecha fijada en el calendario del examen final para la evaluación continuada y se aplicará el mismo sistema de recuperación que para la evaluación continuada. 

El cálculo de la nota final para los alumnos que pidan la evaluación única será el siguiente:

Nota final = 0,80 *Teoría + 0.10 *Problemas + 0.10 *Prácticas

 


Bibliografía

Enlaces web

  • Training Protein Data Bank Portal

https://pdb101.rcsb.org

  • Protein Crystallography course. Structural Medicine. Cambridge University, MRC-LMB:

http://www-structmed.cimr.cam.ac.uk/course.html

  • University of Cambridge. Crystallography. Teaching and Learning packages.

http://www.doitpoms.ac.uk/tlplib/crystallography3/index.php

  • Dpt. de Biología Estructural. CSIC, Madrid

http://www.xtal.iqfr.csic.es/Cristalografia/index-en.html

Llibres electrònics de lliure accés a la biblioteca de la UAB:

Integrative Structural Biology with Hybrid Methods Advances in Experimental Medicine and Biology. Vol. 1105. Haruki Nakamura; Gerard Kleywegt; Stephen K. Burley and John L. Markley. Springer. Cohen et al. editors. 2018

 

LIBROS

Molecular Biology of Assemblies and Machines.  A. C. Steven et al. (2016) Garland Science.

Proteins. Structures and Molecular Properties. Creighton T.E., (1993) 2ed Freeman W.H.and Co.

Introduction to Biophysical Methods for Protein and Nucleic Acid Research Glasel and Deutscher (1995) Academic Press

Crystal Structure Analysis for Chemists and Biologists. J.P. Glusker, M. Lewis and M. Rossi (1994) VCH Publishers, Inc.

 

 

 

 


Software

UCSF Chimera; CCP4i2; Coot, Phenix; Modeller, Autodockv4, AlphaFold.


Lista de idiomas

Nombre Grupo Idioma Semestre Turno
(PAUL) Prácticas de aula 341 Catalán/Español segundo cuatrimestre manaña-mixto
(PLAB) Prácticas de laboratorio 341 Catalán/Español segundo cuatrimestre manaña-mixto
(SEM) Seminarios 341 Catalán segundo cuatrimestre manaña-mixto
(TE) Teoría 34 Catalán/Español segundo cuatrimestre manaña-mixto