Genómica, proteómica e interactómica
Código: 100893 Créditos ECTS: 6| Titulación | Tipo | Curso |
|---|---|---|
| 2500252 Bioquímica | OB | 3 |
Contacto
- Nombre:
- Julia Lorenzo Rivera
- Correo electrónico:
- julia.lorenzo@uab.cat
Equipo docente
- Jaime Luis Martinez Urtaza
- Enea Sancho Vaello
Idiomas de los grupos
Puede consultar esta información al final del documento.
Prerrequisitos
Aunque no se han establecido prerrequisitos oficiales, se presupone la disposición de conocimientos previos de Bioquímica y Biología Molecular, Genética, Microbiología, Biología celular, Métodos de DNA recombinante y Estadística.
Para algunas actividades es necesario un nivel básico de comprensión lectora del inglés.
Objetivos y contextualización
La Genómica es la ciencia que estudia la estructura, contenido y evolución de los genomas. Se trata de una ciencia relativamente nueva (se puede decir que nace en 1995 con la secuenciación de los primeros genomas bacterianos) y se ha desarrollado de forma explosiva en los últimos años. El desarrollo de métodos de secuenciación automática de los ácidos nucleicos ha sido la llave. En el año 2001 se presentó el primer borrador de la secuencia del genoma humano, lo cual representa un hito histórico que abre las puertas a los estudios de genómica comparada y de evolución de la especie humana, a las claves biológicas de la naturaleza humana, a los estudios de asociación genotipo-fenotipo para encontrar genes o regiones del DNA relacionadas con enfermedades, etc.
Después de la secuenciación de genomas aparece la denominada etapa "postgenómica". Se trata de realizar el análisis de la expresión de genes y genomas de forma masiva (Transcriptómica y Genómica funcional), de la identificación y análisis estructural-funcional de las proteínas (Proteómica) y de sus interacciones (y con otras biomoléculas) y la formación de complejos (Interactómica). Conjuntamente con la identificación y cuantificación de todos los metabolitos presentes en una muestra de un organismo (Metabolómica) estos conocimientos dan lugar a las bases para tratar de integrar todo el conjunto y llegar a una descripción global de la biología de la célula (Biología de sistemas).
Los principales objetivos formativos de la asignatura son: la comprensión de la diversidad y complejidad de los genomas y proteomas; el estudio del carácter histórico y evolutivo de la información genética así como de la naturaleza, el significado y las consecuencias de la variabilidad intraespecífica e interespecífica; y finalmente la potencialidad de las aplicaciones provenientes de la información genómica, transcriptómica y proteómica. Forma parte también de los objetivos de la asignatura conocer los métodos experimentales y computacionales que se utilizan en las denominadas ciencias "ómicas".
Competencias
- Actuar con responsabilidad ética y con respeto por los derechos y deberes fundamentales, la diversidad y los valores democráticos.
- Actuar en el ámbito de conocimiento propio evaluando las desigualdades por razón de sexo/género.
- Actuar en el ámbito de conocimiento propio valorando el impacto social, económico y medioambiental.
- Aplicar los recursos informáticos para la comunicación, la búsqueda de información, el tratamiento de datos y el cálculo
- Colaborar con otros compañeros de trabajo
- Diseñar experimentos y comprender las limitaciones de la aproximación experimental
- Gestionar la información, organización y planificación del trabajo
- Interpretar resultados experimentales e identificar elementos consistentes e inconsistentes
- Introducir cambios en los métodos y los procesos del ámbito de conocimiento para dar respuestas innovadoras a las necesidades y demandas de la sociedad.
- Leer textos especializados tanto en lengua inglesa como en las lenguas propias
- Manejar bibliografía e interpretar la información de las principales bases de datos biológicos, así como saber usar las herramientas informáticas básicas
- Pensar de una forma integrada y abordar los problemas desde diferentes perspectivas
- Saber hacer una presentación oral, escrita y visual de su trabajo a una audiencia profesional y no profesional en inglés y entender el lenguaje y propuestas de otros especialistas
- Tener capacidad de aprendizaje autónomo demostrando la capacidad de auto-dirigirse en las actividades de aprendizaje tras recibir instrucciones específicas generales
- Utilizar los fundamentos de matemáticas, física y química necesarios para comprender, desarrollar y evaluar los procesos químicos de la materia viva
Resultados de aprendizaje
- Actuar con responsabilidad ética y con respeto por los derechos y deberes fundamentales, la diversidad y los valores democráticos.
- Actuar en el ámbito de conocimiento propio evaluando las desigualdades por razón de sexo/género.
- Actuar en el ámbito de conocimiento propio valorando el impacto social, económico y medioambiental.
- Aplicar los recursos informáticos para la comunicación, la búsqueda de información, el tratamiento de datos y el cálculo
- Colaborar con otros compañeros de trabajo
- Diseñar experimentos y comprender las limitaciones de la aproximación experimental
- Establecer relaciones estructurales, funcionales y evolutivas a partir de la información existente en las bases de datos biológicas
- Explicar las bases físicas y químicas de la metodología e intrumentación utilizada en el análisis genómico, transcriptómico, proteómico, interactómico, metabolómico y metabonómico
- Gestionar la información, organización y planificación del trabajo
- Interpretar resultados experimentales e identificar elementos consistentes e inconsistentes
- Introducir cambios en los métodos y los procesos del ámbito de conocimiento para dar respuestas innovadoras a las necesidades y demandas de la sociedad.
- Leer textos especializados tanto en lengua inglesa como en las lenguas propias
- Modelizar y representar en forma cuantitativa un proceso o sistema biológico
- Obtener, interpretar y utilizar la información existente en las bases de datos biológicas, bibliográficas, de patentes, de mercados, etc
- Obtener, interpretar y utilizar la información obtenida a partir de los experimentos de genómica, transcriptómica, proteómica, interactómica, metabolómica y metabonómica, etc
- Pensar de una forma integrada y abordar los problemas desde diferentes perspectivas
- Saber hacer una presentación oral, escrita y visual de un trabajo a una audiencia profesional y no profesional en inglés
- Tener capacidad de aprendizaje autónomo demostrando la capacidad de auto-dirigirse en las actividades de aprendizaje tras recibir instrucciones específicas generales
Contenido
GENÓMICA
- Introducción a los genomas
- Secuenciación, ensamblado y anotación de genomas.
- Estudio de las expresión génica: Transcriptómica
- Genómica comparada
- Variación nucleotídica y estructural
PROTEÓMICA E INTERACTÓMICA
- Diversidad del proteoma.
- Técnicas básicas de proteómica.
- Proteómica cuantitativa.
- Proteómica estructural y funcional.
- Interactómica.
Actividades formativas y Metodología
| Título | Horas | ECTS | Resultados de aprendizaje |
|---|---|---|---|
| Tipo: Dirigidas | |||
| Clases de teoria | 29 | 1,16 | 4, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 13, 14, 15, 16, 18 |
| Lecturas recomendadas y solución de problemas | 40 | 1,6 | 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18 |
| Seminarios y problemas | 16 | 0,64 | 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18 |
| Tipo: Supervisadas | |||
| Tutorias individuales | 3 | 0,12 | 6, 7, 9, 10, 14, 15, 16, 17, 18 |
| Tipo: Autónomas | |||
| Estudio | 41 | 1,64 | 4, 5, 6, 7, 9, 10, 12, 13, 14, 15, 16, 18 |
La asignatura consta de clases teóricas, seminarios de resolución de casos prácticos y problemas y tutorías. A continuación se describe la organización y la metodología docente que se seguirá en estos tres tipos de actividades formativas.
Clases de teoría:
El contenido del programa de teoría será impartido principalmente por el profesor en forma de clases magistrales con soporte audiovisual. Las presentaciones utilizadas en clase por el profesor estarán previamente disponibles en el Campus Virtual de la asignatura. Es recomendable que los alumnos impriman este material y lo lleven a clase, para utilizarlo como apoyo a la hora de tomar apuntes. Se aconseja que los alumnos consulten de forma regular los libros recomendados en el apartado de Bibliografía de esta guía docente para consolidar y clarificar, si es necesario, los contenidos explicados en clase.
Seminarios y clases de problemas:
La misión de los seminarios y clases de problemas es hacer de puente entre las clases magistrales y el trabajo práctico, promoviendo un aprendizaje activo que permita desarrollar la capacidad de análisis y síntesis, el razonamiento crítico, y la capacidad de resolución de problemas. Los seminarios y clases de problemas son sesiones con un número reducido de alumnos (máximo 30 alumnos). Su misión es profundizar o completar los conocimientos expuestos en las clases magistrales mediante la resolución de problemas y la discusión de casos prácticos. Los alumnos recibirán periódicamente lecturas recomendadas, problemas y casos por resolver, direcciones web para consultar, etc.
Se dedicarán 15 minutos de una clase a responder a las encuestas institucionales de la UAB.
Nota: se reservarán 15 minutos de una clase dentro del calendario establecido por el centro o por la titulación para que el alumnado rellene las encuestas de evaluación de la actuación del profesorado y de evaluación de la asignatura o módulo.
Evaluación
Actividades de evaluación continuada
| Título | Peso | Horas | ECTS | Resultados de aprendizaje |
|---|---|---|---|---|
| Examenes | 80 | 9 | 0,36 | 4, 6, 7, 8, 9, 10, 13, 15, 16 |
| Seminarios y problemas | 20 | 12 | 0,48 | 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18 |
Evaluación continuada:
La evaluación de la asignatura se llevará a cabo mediante una serie de actividades de evaluación continua, un examen parcial y un examen de recuperación, correspondientes a cada una de las dos partes de la asignatura: Genómica y Proteómica/Interactómica. El peso de cada parte de la asignatura será del 50% sobre la nota final. A continuación se detalla el peso de las diferentes pruebas y actividades correspondientes a cada una de las dos partes de la asignatura:
Genómica 50%: 80% examen + 20% problemas-seminarios (sobre la nota global: 40% examen + 10% problemas y seminarios)
Proteómica 50%: 80% examen + 20% problemas-seminarios (sobre la nota global: 40% examen + 10% problemas y seminarios)
Los exámenes parciales consistirán en preguntas tipo test o de respuesta corta o problemas. Estas pruebas serán eliminatorias de materia.
Sólo se hará promedio con aquellas calificaciones que sean >=4,0. El alumnado que haya obtenido una nota inferior a 4,0 (sobre 10) en el examen anterior de alguno o de los dos parciales tendrán que realizar el examen de recuperación del parcial(es) correspondiente(s) (primer parcial, segundo parcial o ambos).
- Para participar en la recuperación, el alumnado debe haber estado previamente evaluado en un conjunto de actividades cuyo peso equivalga a un mínimo de dos terceras partes de la calificación total de la asignatura o módulo. Por tanto, el alumnado obtendrá la calificación de "No Evaluable" cuando las actividades de evaluación realizadas tengan una ponderación inferior al 67% en la calificación final.
- Los alumnos que suspendan la evaluación continua de la parte correspondiente a problemas y seminarios tendrán la ocasión de realizar la recuperación el día de la prueba final.
La prueba final también estará abierta a cualquier estudiante que, habiendo superado las pruebas parciales, desee mejorar la nota obtenida en una o ambas pruebas parciales. En este caso, el alumno deberá avisar a los profesores correspondientes de su interés en presentarse en la prueba final de mejora de nota y renunciará a la nota anterior.
Los estudiantes que no puedan asistir a una prueba de evaluación individual por causa justificada (como por enfermedad, defunción de un familiar de primer grado o accidente) y aporten la documentación oficial correspondiente, tendrán derecho a realizar la prueba en cuestión en una otra fecha.
La asignatura se considera aprobada si la nota final global es >=5,0.
Al empezar las clases de cada parte de la asignatura, el profesor o profesora correspondiente detallará cómo se evaluarán los problemas-seminarios.
Evaluación única:
Habrá un Examen que incluirá preguntas tipo test o de respuesta corta o problemas tanto de la parte de genómica como de la de proteómica. La nota obtenida en esta prueba supondrá el 80% de la nota final de la asignatura, el 40% correspondiente a la parte de genómica y el otro 40% restante correspondiente a la parte de proteómica.
La entrega de las actividades realizadas durante el curso seguirá el mismo procedimiento y calendario que en la evaluación continua. Según el profesor pueden ser trabajos individuales o de grupo a entregar de forma impresa, por medio del campus virtual o presentaciones en el aula. La entrega seguirá el mismo procedimiento y calendario que en la evaluación continua. La nota correspondiente a esta parte de prácticas de aula supondrá un 20% final, el 10% correspondiente a la parte de genómica y el otro 10% a la parte de proteómica.
Bibliografía
Libros de texto:
- Gibson, G. & S. V. Muse, 2009 (3rd edition). A Primer of Genome Science. Sinauer, Massachusetts. USA.
- Brown, T. A., 2017 (4th edition). Genomes 4. Garland Science, UK.
- Lesk, A.M. 2017. Introduction to genomics (3rd edition). Oxford University Press, Oxford, UK.
- Twyman R. M., 2014 (2n edition). Principles of Proteomics. Garland Science, New York & London.
- Lovric J., 2011. Introducing Proteomics. Ed. John Wiley & Sons, Oxford, UK.
Enlaces útiles:
- Campus Virtual de la UAB: https://cv2008.uab.cat/
- Entrez Genome Database: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/genome
- Expasy Proteomics Server: http://expasy.org/sprot
Software
Ninguno
Lista de idiomas
| Nombre | Grupo | Idioma | Semestre | Turno |
|---|---|---|---|---|
| (PAUL) Prácticas de aula | 331 | Catalán/Español | segundo cuatrimestre | manaña-mixto |
| (PAUL) Prácticas de aula | 332 | Catalán/Español | segundo cuatrimestre | manaña-mixto |
| (TE) Teoría | 33 | Catalán/Español | segundo cuatrimestre | manaña-mixto |