Logo UAB

Genòmica, proteòmica i interactòmica

Codi: 100893 Crèdits: 6
2024/2025
Titulació Tipus Curs
2500252 Bioquímica OB 3

Professor/a de contacte

Nom:
Julia Lorenzo Rivera
Correu electrònic:
julia.lorenzo@uab.cat

Equip docent

Jaime Luis Martinez Urtaza
Enea Sancho Vaello

Idiomes dels grups

Podeu consultar aquesta informació al final del document.


Prerequisits

Tot i que no hi ha prerequisits oficials es pressuposen coneixements de Bioquímica i Biologia molecular, Genètica, Microbiologia, Biologia cel·lular, Mètodes de DNA recombinant i Estadística.

Per a algunes activitats és necessari un nivell bàsic de comprensió lectora d’anglès.


Objectius

     La Genòmica és la ciència que estudia l’estructura, contingut i evolució dels genomes. Es tracta d’una ciència relativament nova (es pot dir que neix el 1995 amb la seqüenciació dels primers genomes bacterians) i s’ha desenvolupat de forma explosiva durant els últims anys. Els desenvolupaments dels mètodes de seqüenciació automàtica d’àcids nucleics ha estat clau. L’any 2001 es presenta el primer esborrany de la seqüència del genoma humà, la qual cosa representa una fita històrica que obre les portes als estudis de genòmica comparada i d’evolució de l’espècie humana, a les claus biològiques de la naturalesa humana, als estudis d’associació genotip-fenotip per trobar gens o regions del DNA relacionades amb malalties, etc.

     Després de la seqüenciació de genomes apareix la denominada etapa “postgenòmica”. Es tracta de realitzar l’anàlisi de l’expressió de gens i genomes de forma massiva (Transcriptòmica i Genòmica funcional), de la identificació i anàlisi estructural-funcional de les proteïnes (Proteòmica) i de les seves interaccions (i amb altres biomolècules) i la formació de complexos (Interactòmica). Conjuntament amb la identificació i quantificació de tots els metabòlits  presents en una mostra d’un organisme (Metabolòmica)  aquests coneixements donen lloc a les bases per a tractar d’integrar tot el conjunt i arribar a una descripció global de la biologia de la cèl·lula (Biologia de Sistemes).

     Els principals objectius formatius de l’assignatura són: la comprensió de la diversitat i complexitat dels genomes i proteomes;l’estudi del caràcter històric i evolutiu de la informació genètica així com de la naturalesa, el significat i les conseqüències de la variabilitat intraespecífica i interespecífica; i finalment la potencialitat de les aplicacions provinents de la informació genòmica, transcriptòmica i proteòmica. Forma part també dels objectius de l’assignatura conèixer els mètodes experimentals i computacionals que s’utilitzen en les denominades ciències ”òmiques”.


Competències

  • Actuar amb responsabilitat ètica i amb respecte pels drets i deures fonamentals, la diversitat i els valors democràtics.
  • Actuar en l'àmbit de coneixement propi avaluant les desigualtats per raó de sexe/gènere.
  • Actuar en l'àmbit de coneixement propi valorant l'impacte social, econòmic i mediambiental.
  • Aplicar els recursos informàtics per a la comunicació, la recerca d'informació, el tractament de dades i el càlcul.
  • Col·laborar amb altres companys de treball.
  • Dissenyar experiments i comprendre les limitacions de l'aproximació experimental.
  • Gestionar la informació, organització i planificació del treball.
  • Interpretar resultats experimentals i identificar elements consistents i inconsistents.
  • Introduir canvis en els mètodes i els processos de l'àmbit de coneixement per donar respostes innovadores a les necessitats i demandes de la societat.
  • Llegir textos especialitzats tant a llengua anglesa com a les llengües pròpies.
  • Manejar bibliografia i interpretar la informació de les principals bases de dades biològiques, així com saber usar les eines informàtiques bàsiques.
  • Pensar d'una forma integrada i abordar els problemes des de diferents perspectives.
  • Saber fer una presentació oral, escrita i visual del seu treball a una audiència professional i no professional en anglès i entendre el llenguatge i propostes d'altres especialistes.
  • Tenir capacitat d'aprenentatge autònom demostrant la capacitat d'autodirigir-se en les activitats d'aprenentatge després de rebre instruccions específiques generals.
  • Utilitzar els fonaments de matemàtiques, física i química necessaris per comprendre, desenvolupar i avaluar els processos químics de la matèria viva.

Resultats d'aprenentatge

  1. Actuar amb responsabilitat ètica i amb respecte pels drets i deures fonamentals, la diversitat i els valors democràtics.
  2. Actuar en l'àmbit de coneixement propi avaluant les desigualtats per raó de sexe/gènere.
  3. Actuar en l'àmbit de coneixement propi valorant l'impacte social, econòmic i mediambiental.
  4. Aplicar els recursos informàtics per a la comunicació, la recerca d'informació, el tractament de dades i el càlcul.
  5. Col·laborar amb altres companys de treball.
  6. Dissenyar experiments i comprendre les limitacions de l'aproximació experimental.
  7. Establir relacions estructurals, funcionals i evolutives a partir de la informació existent en les bases de dades biològiques.
  8. Explicar les bases físiques i químiques de la metodologia i les eines utilitzades en l'anàlisi genòmica, transcriptòmica, proteòmica, interactòmica, metabolòmica i metabonòmica.
  9. Gestionar la informació, organització i planificació del treball.
  10. Interpretar resultats experimentals i identificar elements consistents i inconsistents.
  11. Introduir canvis en els mètodes i els processos de l'àmbit de coneixement per donar respostes innovadores a les necessitats i demandes de la societat.
  12. Llegir textos especialitzats tant a llengua anglesa com a les llengües pròpies.
  13. Modelitzar i representar quantitativament un procés o sistema biològic.
  14. Obtenir, interpretar i utilitzar la informació existent en les bases de dades biològiques, bibliogràfiques, de patents, de mercats, etc.
  15. Obtenir, interpretar i utilitzar la informació obtinguda a partir dels experiments de genòmica, transcriptòmica, proteòmica, interactòmica, metabolòmica i metabonòmica, etc.
  16. Pensar d'una forma integrada i abordar els problemes des de diferents perspectives.
  17. Saber fer una presentació oral, escrita i visual del seu treball a una audiència professional i no professional en anglès i entendre el llenguatge i propostes d'altres especialistes.
  18. Tenir capacitat d'aprenentatge autònom demostrant la capacitat d'autodirigir-se en les activitats d'aprenentatge després de rebre instruccions específiques generals.

Continguts

GENÒMICA

- Introducció als genomes

- Seqüenciació, assemblatge i anotació de genomes

- Estudi de l'expressió gènica: Transcriptòmica

- Genòmica comparada

- Variació nucleotídica i estructural

 

PROTEÒMICA I INTERACTÒMICA

  • Introducció i conceptes bàsics

  • Diversitat del proteoma

  • Tècniques bàsiques de proteòmica

  • Proteòmica quantitativa

  • Proteòmica estructural i funcional

  • Interactòmica

 

 


Activitats formatives i Metodologia

Títol Hores ECTS Resultats d'aprenentatge
Tipus: Dirigides      
Clases Teòriques 29 1,16 4, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 13, 14, 15, 16, 18
Lectures recomenades i Resolució problemes 40 1,6 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18
Seminaris i Problemes 16 0,64 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18
Tipus: Supervisades      
Tutories individuals 3 0,12 6, 7, 9, 10, 14, 15, 16, 17, 18
Tipus: Autònomes      
Estudi 41 1,64 4, 5, 6, 7, 9, 10, 12, 13, 14, 15, 16, 18

L’assignatura consta de classes teòriques, seminaris de resolució de casos pràctics i problemes i tutories. A continuació es descriu la organització i la metodologia docent que es seguirà en aquests tres tipus d’activitats formatives.

 

Classes de teoria:

El contingut del programa de teoria serà impartit principalment pel professor o pofessora en forma de classes magistrals amb suport audiovisual. Les presentacions utilitzades a classe estaran prèviament disponibles al Campus Virtual de l’assignatura. És recomanable que l´alumnat imprimeixi aquest material i el porti a classe, per utilitzar-lo com a suport a l’hora de prendre apunts. S’aconsella que l´alumnat consulti de forma regular els llibres recomanats a l’apartat de Bibliografia d’aquesta guia docent per tal de consolidar i clarificar, si és necessari, els continguts explicats a classe.

 

Seminaris i classes de problemes:

La missió dels seminaris i classes de problemes és fer de pont entre les classes magistrals i el treball pràctic, promovent un aprenentatge actiu que permeti desenvolupar la capacitat d’anàlisi i síntesi, el raonament crític, i la capacitat de resolució de problemes. Els seminaris i classes de problemes són sessions amb un nombre reduït d’alumnes (màxim 30 alumnes). La seva missió és aprofundir o completar els coneixements exposats en les classes magistrals mitjançant la resolució de problemes i la discussió de casos pràctics. L´alumnat rebrà periòdicament lectures recomanades, problemes i casos per resoldre, adreces web per a consultar, etc.

 

Tutories:

Hi haurà fins a 3 sessions de tutoria en petit grup amb elprofessor o professora. En aquestes sessionses resoldran els dubtes que l´alumnat plantegi sobre els temes del programa de teoria, i que facilitin la comprensió d’aspectes concrets de l’assignatura.

Es dedicaran 15 minuts d'una classe a respondre a les enquestes institucionals de la UAB.

Nota: es reservaran 15 minuts d'una classe, dins del calendari establert pel centre/titulació, per a la complementació per part de l'alumnat de les enquestes d'avaluació de l'actuació del professorat i d'avaluació de l'assignatura/mòdul.


Avaluació

Activitats d'avaluació continuada

Títol Pes Hores ECTS Resultats d'aprenentatge
Exàmens 80 9 0,36 4, 6, 7, 8, 9, 10, 13, 15, 16
Seminaris i Problemes 20 12 0,48 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18

Avaluació Continuada:

L'avaluació de l'assignatura es durà a terme mitjançant una sèrie d'activitats d'avaluació continuada, un examen parcial i un examen de recuperació, corresponents a cadascuna de les dues parts de l'assignatura: Genòmica i Proteòmica/Interactòmica. El pes de cada part de l'assignatura és del 50% sobre la nota final. A continuació es detalla el pes de les diferents proves i activitats corresponents a cadascuna de les dues parts de l'assignatura:

Genòmica 50%: 80% examen + 20% problemes-seminaris (sobre la nota global: 40% examen + 10% problemes i seminaris)

Proteòmica 50% : 80% examen + 20% problemes-seminaris (sobre la nota global: 40% examen + 10% problemes i seminaris)

Els exàmens parcials consistiran en preguntes de tipus test o de resposta curta o problemes. Aquestes proves seran eliminatòries de matèria.

Només es farà promig amb aquelles qualificacions que siguin >=4,0. L’alumnat que hagi obtingut una nota inferior a 4,0 (sobre 10) en l'examen anterior d'algun o dels dos parcials hauran de realitzar l'examen de recuperació del parcial(s) corresponent(s) (primer parcial, segon parcial o tots dos).

- Per participar a la recuperació, l'alumnat ha d'haver estar prèviament avaluat en un conjunt d'activitats el pes de les quals equivalgui a un mínim de dues terceres parts de la qualificació total de l'assignatura o mòdul. Per tant, l'alumnat obtindrà la qualificació de "No Avaluable" quan les activitats d'avaluació realitzades tinguin una ponderació inferior al 67% en la qualificació final.

- Els alumnes que suspenguin l´avaluació continuada de la part corresponent a problemes i seminaris tindran l´ocasió de fer la recuperació el dia de la proba final.

La prova final també estarà oberta a qualsevol estudiant que, havent superat les proves parcials, desitgi millorar la nota obtinguda a una o les dues proves parcials. En aquest cas, l'alumne haurà d'avisar als professors corresponents del seu interès en presentar-se a la prova final de millora de nota i renunciarà a la nota anterior. 

Els estudiants que no puguin assistir a una prova d'avaluació individual per causa justificada (com ara per malaltia, defunció d'un familiar de primer grau o accident) i aportin la documentació oficial corresponent, tindran dret a realitzar la prova en qüestió en una altra data.

L'assignatura es considera aprovada si la nota final global és >=5,0.

En començar les classes de cada part de l'assignatura, el professor o professora corresponent detallarà com s'avaluaran els problemes-seminaris i l'exercici integrador (en el cas de la part de Genòmica).

 Avaluació única

Hi haurà un Examen que inclourà preguntes de tipus test o de resposta curta o problemes tant de la part de genòmica como de la de proteòmica. La nota obtinguda en aquesta prova suposarà el 80 % de la nota final de l’assignatura, el 40% corresponent a la part de genòmica i l´altre 40% restant corresponent a la part de proteòmica.

El lliurament de les activitats realitzades durant el curs seguirà el mateix procediment i calendari que a l’avaluació continuada. Segons al professor poden ser treballs individuals o de grup a lliurar de forma impresa, per mitjà del campus virtual o presentacions a l' aula. El lliurament seguirà el mateix procediment i calendari que a l’avaluació continuada. La nota corresponent a aquesta part de pràctiques d´aula suposarà un 20% final, el 10% corresponent a la part de genòmica i l´altre 10% a la part de proteòmica.


Bibliografia

Llibres de text:

- Gibson, G. &  S. V. Muse, 2009 (3rd edition). A Primer of Genome Science. Sinauer, Massachusetts. USA.

- Brown, T. A., 2017 (4th edition). Genomes 4. Garland Science, UK.

- Lesk, A.M. 2017. Introduction to genomics (3rd edition). Oxford University Press, Oxford, UK.

- Twyman R. M., 2014 (2n edition). Principles of Proteomics. Garland Science, New York & London.

- Lovric J.,  2011. Introducing Proteomics. Ed. John Wiley & Sons, Oxford, UK.

 

Enllaços útils:

- Campus Virtual de la UAB: https://cv2008.uab.cat/

- Entrez Genome Database: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/genome

- Expasy Proteomics Server: http://expasy.org/sprot


Programari

No 


Llista d'idiomes

Nom Grup Idioma Semestre Torn
(PAUL) Pràctiques d'aula 331 Català/Espanyol segon quadrimestre matí-mixt
(PAUL) Pràctiques d'aula 332 Català/Espanyol segon quadrimestre matí-mixt
(TE) Teoria 33 Català/Espanyol segon quadrimestre matí-mixt