Titulación | Tipo | Curso | Semestre |
---|---|---|---|
2500890 Genètica | OT | 4 | 1 |
Puede consutarlo a través de este enlace. Para consultar el idioma necesitará introducir el CÓDIGO de la asignatura. Tenga en cuenta que la información es provisional hasta el 30 de noviembre del 2023.
El propósito de esta asignatura es cubrir temas básicos de la bioinformática a través de talleres prácticos, workshops y conferencias impartidas por expertas y espertos en el campo de la bioinformática. No es una asignatura acumulativa, sino transversal, donde el objetivo es proporcionar a los estudiantes una amplia gama de conceptos y enfoques que abarcan la bioinformática.
El objetivo principal es brindar a los estudiantes los conocimientos y habilidades necesarias para aplicar la bioinformática en diferentes áreas de la investigación genómica y, por extensión, en otras disciplinas ómicas. Los contenidos impartidos y las actividades realizadas durante este curso brindan una perspectiva global del potencial de la bioinformática tanto en la investigación básica como en la aplicada.
La asignatura se compondrá de sesiones teórico-prácticas, conferencias y workshops impartidos por reconocidos especialistas en las diferentes materias y ámbitos.
Sesiones teórico-prácticas (~12h)
Se llevarán a cabo en el aula de informàtica. Los alumnos trabajarán tanto de manera individual como en grupo (3-4 alumnos) promoviendo un aprendizaje activo que permita desarrollar la capacidad de análisis y síntesis, el razonamiento crítico y la capacidad de resolución de problemas.
Estamos a punto de iniciar un viaje hacia la bioinformática real. La asignatura se divide en una serie de cuatro actividades de formación práctica que mostrarán los flujos de trabajo básicos en bioinformática: desde la gestión y el procesamiento de datos con Linux, la visualización y los análisis funcionales posteriores. Las prácticas se dividen en dos grandes partes. Parte I: Conceptos básicos sobre los flujos de trabajo de bioinformática y Parte II: Resolución de casos reales de genómica.
Estas prácticas pretenden también adquirir otras habilidades, muy valiosas en la investigación pero pocas veces experimentadas durante el Grado, como colaborar, aprender a transformar los datos en visualizaciones efectivas para comunicar y hacer una investigación reproducible.
Título |
Descripción y resultados del aprendizaje |
|
Introduction |
Presentación de la asignatura: organización, metodología, preparaciones previas, creación de grupos y evaluación de la asignatura |
|
P1. Basics on Bioinformatics workflows |
Data management and processing |
Learning Linux for Bioinformatics - Aprenderemos a tratar datos crudos a través de comandos de bash, un lenguaje muy potente de Linux. |
Data exploration and visualization |
Data exploration and visualization - Aprenderemos a representar datos biológicos en un mensaje claro, una visualización, y extraer información de las mismas. Utilizaremos ggplot2, un paquete de R. |
|
P2. Solving real cases in genomics |
Genome-Wide Association studies |
Which are the variants behind three common human diseases? Realizaremos un estudio de asociación del genoma completo con R para detectar SNPs asociados con enfermedades humanas complejas. |
Transcriptomic analyses |
Finding differentiantly expressed genes in cancer. Realizaremos un análisis de expresión diferencial utilizando datos de cáncer. |
|
Tutoria* |
*Se implantaron dos sesiones extras de dos horas según las necesidades del estudiante y las dificultades de los casos. |
Conferencias invitadas y talleres (17h)
Es obligatoria la asistencia presencial a las conferencias (1h por conferencia) de expertas y expertos invitados en el campo de la bioinformática, que se impartirán en inglés. Estas conferencias abordarán diversos temas relacionados con la aplicación práctica de la bioinformática y la genética en diferentes ámbitos como hospitales, empresas privadas e instituciones académicas. También se tratarán temas específicos de actualidad, como la investigación del cáncer. Las fechas definitivas de las conferencias se actualizarán en el calendario y se comunicarán a través de las herramientas de comunicación en el espacio de Moodle. Las conferencias serán virtuales y podrán ser grabadas.
Actividades de aprendizaje presenciales y aprendizaje autónomo
Se implementará una experiencia de aprendizaje cooperativo, en concreto se seguirá la metodología Puzzle: se proporciona conjuntos de datos y procedimientos de manera distribuida a grupos reducidos. Cada grupo debe gestionar y resolver casos prácticos de forma autónoma.
Cada módulo trabajará en paralelo conceptos similares a través de casos prácticos reales, de forma que una vez finalizados los estudiantes intercambiarán información sobre la metodología escogida, su desarrollo y los resultados obtenidos, tratando de conseguir una cooperación efectiva entre los estudiantes. Los miembros de cada grupo conocerán a fondo la información que les corresponde. Se hará una exposición y/o redacción de un portafolio a través del cual el resto de grupos comprenderá las características y fundamentos de cada análisis. Las cuatros sesiones de prácticas estarán vinculadas entre sí, pues los resultados de una prácticas o los métodos utilizados servirán para la siguiente práctica.
La participación activa, la gestión del trabajo, así como la discusión de los conocimientos adquiridos formarán una parte vital en el rol desempeñado de cada alumno.
Conferencias y talleres
Se impartirán un total de 5-6 conferencias por expertos en sus respectivos campos de investigación o laboral, que ofrecerán una visión real de la bioinformática como una pieza clave en la resolución de cuestiones de investigación biológica básica y aplicada. Se hará hincapié en la importancia del tratamiento de datos en la era actual del big data. Otras conferencias abordarán aspectos de interés práctico, como la supervivencia en el doctorado, la divulgación científica con un ejemplo real y el funcionamiento del mundo científico. También se explorarán las diferentes salidas que ofrece la bioinformática en el ámbito académico y privado.
Esta asignatura no prevé un sistema de evaluación único para el curso 2023/2024.
*La metodología docente propuesta puede experimentar alguna modificación en función de las restricciones a la presencialidad que impongan las autoridades sanitarias.
Nota: se reservarán 15 minutos de una clase dentro del calendario establecido por el centro o por la titulación para que el alumnado rellene las encuestas de evaluación de la actuación del profesorado y de evaluación de la asignatura o módulo.
Título | Horas | ECTS | Resultados de aprendizaje |
---|---|---|---|
Tipo: Dirigidas | |||
Talleres | 7 | 0,28 | 5, 8, 11, 12 |
Conferencias | 10 | 0,4 | 4, 7, 8, 10 |
Sesiones teórico-prácticas | 12 | 0,48 | 4, 5, 7, 8, 10, 11, 12, 6, 16, 13, 14, 15 |
Tipo: Supervisadas | |||
Portafolio | 20 | 0,8 | 4, 5, 7, 8, 10, 11, 12, 6, 16, 13, 14, 15 |
Tipo: Autónomas | |||
Estudio/Resolución de problemas | 25 | 1 | 5, 10, 11, 13, 14, 15 |
La evaluación se realizará a través de la entrega de cuatro portafolios y la exposición de un tema de bioinformática a escoger por el alumno.
Portafolio (70%). En cada portafolio se expondrá los fundamentos básicos de los datos analizados, las herramientas utilizadas, el desarrollo de la metodología, así como una discusión sobre el resultado final de la entrega. Cada portafolio tendrá el mismo peso en la evaluación final.
Exposición (20%). Cada grupo realizará una exposición oral de 15 minutos.
Asistencia y participación (10%).
La asignatura se supera cuando la nota media de las actividades de evaluación es igual o superior a 5. El carácter continuado y transversal de esta evaluación hace que no se pueda evaluar la asignatura si la participación mínima del alumnado es inferior a un 80% de las sesiones propuestas.
Esta asignatura no prevé un sistema de evaluación único para el curso 2023/2024.
Título | Peso | Horas | ECTS | Resultados de aprendizaje |
---|---|---|---|---|
Asistencia y participación activa | 10% | 0 | 0 | 4, 5, 7, 8, 11, 12, 6, 16 |
Portafolio | 70% | 0 | 0 | 1, 2, 3, 4, 5, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 6, 16, 13, 14, 15 |
Presentación oral seminario | 20% | 1 | 0,04 | 1, 2, 3, 4, 7, 8, 9, 11, 12, 13 |
Libros
Artículos
Enlaces
Todo el programario estará instalado en los ordenadores de la facultad.