Biología de Sistemas de las Plantas
Código: 43867 Créditos ECTS: 6| Titulación | Tipo | Curso | Semestre |
|---|---|---|---|
| 4316231 Biología, Genómica y Biotecnología Vegetales / Plant Biology, Genomics and Biotechnology | OT | 0 | 2 |
Contacto
- Nombre:
- Ana Martin Hernandez
- Correo electrónico:
- anamontserrat.martin@uab.cat
Uso de idiomas
- Lengua vehicular mayoritaria:
- inglés (eng)
Equipo docente
- Ana Martin Hernandez
Equipo docente externo a la UAB
- Elena Monte
- Iban Eduardo
- Jae-Seong Yang
- Juan José López Moya
- Maria Lois
- Martí Bernardo
Prerequisitos
Conocimientos básicos de Genética
Objetivos y contextualización
Proporcionar a los alumnos una visión global y actual de las técnicas, fundamentos y aplicaciones de la Genómica Vegetal e introducirlos en la Biología de Sistemas de las plantas. Los objetivos específicos incluyen la comprensión de los siguientes aspectos: la diversidad y complejidad de los genomas vegetales, las técnicas empleadas habitualmente en los estudios de genómica, transcriptómica, proteómica y metabolómica y las aplicacionesa la mejora genética de las plantas cultivadas, así como el uso de las matemáticas para el modelado predictivo a través de la integración de los datos de las diferentes -ómicas.
Competencias
- Aplicar los conocimientos de genética molecular de las plantas en diferentes ámbitos científicos e industriales.
- Desarrollar el razonamiento crítico en el ámbito de estudio y en relación con el entorno científico y empresarial.
- Identificar y utilizar herramientas bioinformáticas para aplicarlas al estudio genético, evolutivo y funcional de los vegetales.
- Que los estudiantes sean capaces de integrar conocimientos y enfrentarse a la complejidad de formular juicios a partir de una información que, siendo incompleta o limitada, incluya reflexiones sobre las responsabilidades sociales y éticas vinculadas a la aplicación de sus conocimientos y juicios.
- Que los estudiantes sepan aplicar los conocimientos adquiridos y su capacidad de resolución de problemas en entornos nuevos o poco conocidos dentro de contextos más amplios (o multidisciplinares) relacionados con su área de estudio.
- Que los estudiantes sepan comunicar sus conclusiones y los conocimientos y razones últimas que las sustentan a públicos especializados y no especializados de un modo claro y sin ambigüedades.
- Sintetizar, analizar alternativas y debatir críticamente.
- Utilizar terminología científica para argumentar los resultados de la investigación y saber comunicarlos oralmente y por escrito en inglés en un entorno internacional.
- Utilizar y gestionar información bibliográfica y recursos informáticos en el ámbito de estudio.
Resultados de aprendizaje
- Aplicar métodos matemáticos de análisis y modelaje predictivo mediante la integración de distintos tipos de datos experimentales ómicos.
- Desarrollar el razonamiento crítico en el ámbito de estudio y en relación con el entorno científico y empresarial.
- Distinguir y aplicar los métodos y técnicas empleadas habitualmente en los estudios de genómica, fenómica, transcriptómica, proteómica y metabolómica.
- Que los estudiantes posean las habilidades de aprendizaje que les permitan continuar estudiando de un modo que habrá de ser en gran medida autodirigido o autónomo.
- Que los estudiantes sean capaces de integrar conocimientos y enfrentarse a la complejidad de formular juicios a partir de una información que, siendo incompleta o limitada, incluya reflexiones sobre las responsabilidades sociales y éticas vinculadas a la aplicación de sus conocimientos y juicios.
- Que los estudiantes sepan aplicar los conocimientos adquiridos y su capacidad de resolución de problemas en entornos nuevos o poco conocidos dentro de contextos más amplios (o multidisciplinares) relacionados con su área de estudio.
- Sintetizar, analizar alternativas y debatir críticamente.
- Utilizar terminología científica para argumentar los resultados de la investigación y saber comunicarlos oralmente y por escrito en inglés en un entorno internacional.
- Utilizar y gestionar información bibliográfica y recursos informáticos en el ámbito de estudio.
Contenido
Biología de Sistemas: conceptos, metodología y estudios de casos utilizando múltiples -ómicas. El caso de estudio será la aparición de una nueva enfermedad que afecta y mata todas las variedades de tomate. Los estudiantes realizarán un viaje a través de todas las -ómicas para descubrir la causa y buscar una solución científica viable para su aplicación en la mejora de plantas cultivadas.
Específicamente,
Se utilizarán aplicaciones prácticas de métodos y técnicas en fenómica y genómica vegetales, incluyendo el uso de marcadores moleculares en la mejora vegetal. Importancia de los QTLs en este problema.
Análisis y aplicación de datos derivados de experimentos de genómica y de transcriptómica para limitar el problema.
Análisis y aplicación de datos derivados de los experimentos de proteómica, interactómica y metabolómica para encontrar una solución al problema.
Análisis integrado del caso de estudio aplicados, incluyendo la modelización computacional, para la mejora de plantas de cultivo.
Metodología
Conferencias y charlas de expertos
Problemas y casos prácticos
Preparación de informes
Estudio personal
Nota: se reservarán 15 minutos de una clase dentro del calendario establecido por el centro o por la titulación para que el alumnado rellene las encuestas de evaluación de la actuación del profesorado y de evaluación de la asignatura o módulo.
Actividades
| Título | Horas | ECTS | Resultados de aprendizaje |
|---|---|---|---|
| Tipo: Dirigidas | |||
| Conferencias y charlas de expertos | 11 | 0,44 | 1, 5 |
| Problemas y casos prácticos | 24 | 0,96 | 2, 3, 6, 8 |
| Tipo: Supervisadas | |||
| Preparación de informes | 30 | 1,2 | 4, 7, 8 |
| Tipo: Autónomas | |||
| Estudio personal | 84 | 3,36 | 9 |
Evaluación
Evaluación continua 10%
Informe 60%
Cuestionario final 30%
Actividades de evaluación
| Título | Peso | Horas | ECTS | Resultados de aprendizaje |
|---|---|---|---|---|
| Cuestionario final | 30% | 1 | 0,04 | 6 |
| Evaluación continuada con la participación de los estudiantes | 10% | 0 | 0 | 1, 2, 3, 5, 6 |
| Informe | 60% | 0 | 0 | 4, 7, 9, 8 |
Bibliografía
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For a tutorial on Computational Biology see: https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/CellNOptR/inst/doc/CellNOptR-vignette.pdf and for an applied study with real data to reveal novel molecular mechanisms see here http://msb.embopress.org/content/10/12/767. For the publication first presenting CellNOptR see http://msb.embopress.org/content/5/1/331
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Software
Section 1 Introductión: 3 hours
Section 2 Phenomics: 3 hours
Section 3 Genetics: 3 hours
Section 4 Genomics 3 hours
Sections 5 Transcriptomics 3 hours
Section 6 Computing Biology. Modeling 3 hours
Section 7 Proteomics 3 hours
Section 8 Computing Biology. Modeling 3 hours
Section 9 Metabolomics 3 hours
Section 10 Computing Biology. Modeling 3 hours
Section 11 Resolution of the problem and questions. 3 hours