Titulació | Tipus | Curs | Semestre |
---|---|---|---|
2500890 Genètica | OT | 4 | 0 |
El propòsit d'aquesta assignatura és cobrir temes bàsics de la bioinformàtica en forma de tallers pràctics, workshops i conferències impartides per experts. No és una assignatura acumulativa sinó transversal, on l'objectiu és proporcionar als estudiants l'àmplia gamma de conceptes i enfocaments que abasta la bioinformàtica.
L'objectiu principal és el de proporcionar als estudiants els coneixements i habilitats necessàries per aplicar la bioinformàtica en diferents àrees de la investigació genòmica i per extensió altres òmiques. La matèria impartida i les activitats realitzades durant aquest curs subministren una perspectiva global del potencial de la bioinformàtica tant en l'àmbit de la recerca bàsica com l'aplicada.
L'assignatura es compon de sessions teòriques-pràctiques, conferències i workshops impartits per reconeguts especialistes en les diferents matèries i àmbits.*
Sessions teoricopràctiques (~ 11h)
Es duran a terme a l'aula d'informàtica. Els alumnes treballaran tant de manera individual com en grup (3 alumnes) promovent un aprenentatge actiu que permeti desenvolupar la capacitat d'anàlisi i síntesi, el raonament crític i la capacitat de resolució de problemes.
Títol |
Descripció |
Introduction |
Presentació de workflows, anàlisis, metodologia i avaluació de l'asignatura |
Data management and processing |
Diferents tipus de dades biològiques: seqüències, anotació, dades d'expresió, aliniaments… Familiarizar-se amb les propietats i estructura de cada tipus de dades i les eines per analizar-les. Tractament de dades crues. |
Data exploration and visualization |
Aprendra a representar dades biològiques en un missatge clar i extrau-re informació de les mateixes. |
Genome-Wide Association studies |
Realitzar un estudi d'asociació del genoma complet en una malaltia humana complexa. |
Transcriptomic analyses |
Realitzar un anàlisi d'expressió complet utilitzant dades de càncer, distribuit en els següents pasos: - Control de qualitat de les dades - Aliniament de RNA-seq - Anàlisi d'expresió diferencial - Visualització dels resultats |
Tutoria* |
*S'implantaren dues sessions extres de dues hores segons les necessitats de l'estudiant i les dificultats dels casos. |
Conferències convidades (10h)
Assistència a almenys quatre conferències (2h / conferència) d'experts convidats en l'àmbit de la bioinformàtica que seran impartides en anglès.
Tallers (Workshops) (5h)
Títol |
Ponent |
Data aproximada |
How to survive a PhD |
Edgar Garriga |
Diciembre 2020 |
|
|
|
¿Cómo podemos analizar el genoma del cáncer? |
Claudia Arnedo |
Diciembre 2020 |
*Llevat que les restriccions imposades per les autoritats sanitàries obliguin a una priorització o reducció d’aquests continguts.
Activitats d'aprenentatge presencials i aprenentatge autònom.
S'implementarà una experiència d'aprenentatge cooperatiu, en concret es seguirà la metodologia Puzzle: es proporciona conjunts de dades i procediments de manera distribuïda a grups reduïts. Cada grup ha de gestionar i resoldre casos pràctics de forma autònoma.
Cada mòdul treballarà en paral·lel conceptes similars a través de casos pràctics reals, de manera que un cop finalitzats els estudiants intercanviaran informació sobre la metodologia escollida, el seu desenvolupament i els resultats obtinguts, tractant d'aconseguir una cooperació efectiva entre els estudiants. Els membres de cada grup coneixeran a fons la informació que els correspon. S'efectuarà una exposició i/o redacció d'un portafoli a través del qual la resta de grups comprengui les característiques i fonaments de cada anàlisi. Les quatres sessions de pràctiques estaran vinculades entre si, ja que els resultats d'una pràctiques serviran de dades d'anàlisi per a la següent pràctica.
La participació activa, la gestió del treball, així com la discussió dels coneixements adquirits formaran una part vital en el paper exercit de cada alumne.
Conferències i tallers
S'impartiran un total de 5 conferències per experts en els seus camps d'investigació o laboral que oferiran una visió real de la bioinformàtica com una peça clau en la resolució de qüestions d'investigacions biològiques bàsiques i aplicades. Es farà èmfasi en la importància del tractament de dades en l'era actual del big data.
Els dos tallers consistiran de dues sessions que tractaran de dos aspectes d'interès pràctic, com sobreviure el doctorat i com divulgar ciència amb un exemple real.
*La metodologia docent proposada pot experimentar alguna modificació en funció de les restriccions a la presencialitat que imposin les autoritats sanitàries.
Títol | Hores | ECTS | Resultats d'aprenentatge |
---|---|---|---|
Tipus: Dirigides | |||
Tallers | 5 | 0,2 | 2, 4, 6, 7 |
Conferències | 11 | 0,44 | 1, 3, 4, 5 |
Sessions teòrica-pràctiques | 13 | 0,52 | 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 |
Tipus: Supervisades | |||
Portafoli | 20 | 0,8 | 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 |
Tipus: Autònomes | |||
Estudi/resolució problemes | 25 | 1 | 2, 5, 6, 10, 11, 12 |
L'avaluació es realitzarà a través del lliurament de quatre portafolis i l'exposició d'un dels quatre casos a tractar.
Portafoli (70%). A cada portafoli s'exposarà els fonaments bàsics de les dades analitzades, les eines utilitzades, el desenvolupament de la metodologia, així com una discussió sobre el resultat final del lliurament. Cada portafoli tindrà el mateix pes en l'avaluació final.
Exposició (20%). Cada grup realitzarà una exposició oral de 10 minuts.
Assistència i participació (10%).
L'assignatura se supera quan la nota mitjana de les activitats d'avaluació és igual o superior a 5. El caràcter continuat i transversal d'aquesta avaluació fa que no es pugui avaluar l'assignatura si la participació mínima de l'alumnat és inferior a un 80% de les sessions propostes.
*L’avaluació proposada pot experimentar alguna modificació en funció de les restriccions a la presencialitat que imposin les autoritats sanitàries.
Títol | Pes | Hores | ECTS | Resultats d'aprenentatge |
---|---|---|---|---|
Assistència i participació activa | 10% | 0 | 0 | 1, 2, 3, 4, 6, 7, 8, 9 |
Portafoli | 70% | 0 | 0 | 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 |
exposició | 20% | 1 | 0,04 | 1, 3, 4, 6, 7, 10 |
Llibres
Articles
Enllaços