Genòmica Vegetal
Codi: 44782 Crèdits: 6| Titulació | Tipus | Curs |
|---|---|---|
| 4318297 Biologia, Genòmica i Biotecnologia Vegetals / Plant Biology, Genomics and Biotechnology | OB | 0 |
Professor/a de contacte
- Nom:
- Narciso Campos Martinez
- Correu electrònic:
- narciso.campos@uab.cat
Equip docent
- Merce Galbany Casals
- Luisa Maria Lois Rojas
- Maria Jose Aranzana Civit
- Werner Howad
- Raul Castanera Andres
- Pere Arús Canals
- (Extern) Albert Ferrer Prats
- (Extern) Alfonso Saera Vila
- (Extern) Igor Flórez Sarasa
Idiomes dels grups
Podeu consultar aquesta informació al final del document.
Prerequisits
Bon domini de l'anglès
Bona experiència en genètica, biologia molecular i enginyeria genètica
Objectius
Proporcionar una visió global i actualitzada de les bases teòriques i tecnològiques relacionades amb l'estudi de l'organització, la funció i l'evolució dels genomes de les plantes i les seves aplicacions potencials per a la millora genètica de les plantes de cultiu.
Resultats d'aprenentatge
- CA05 (Competència) Reconèixer les consideracions ètiques, de responsabilitat social i legals en l'ús de dades genòmiques valorant el respecte als drets humans fonamentals i l'impacte econòmic i mediambiental per a aplicar-les a l'entorn científic i professional, d'acord amb els objectius de desenvolupament sostenible.
- CA06 (Competència) Aplicar els coneixements adquirits en entorns nous o poc coneguts dins de contextos més amplis (o multidisciplinaris) relacionats amb la biologia, la genòmica i la biotecnologia vegetals.
- KA05 (Coneixement) Reconèixer el paper de les dones científiques en l'àmbit de la genètica i la genòmica.
- KA06 (Coneixement) Definir conceptes relacionats amb la genòmica vegetal i seleccionar les metodologies de seqüenciació i anotació dels genomes vegetals més adequades.
- SA09 (Habilitat) Comunicar els resultats de la investigació en l'organització i la funció dels genomes vegetals en anglès, oralment i per escrit, utilitzant una terminologia científica adequada.
- SA10 (Habilitat) Aplicar els coneixements de genòmica vegetal a l'estudi dels mecanismes evolutius i la sistemàtica de plantes i fongs.
- SA11 (Habilitat) Aplicar aproximacions de tipus òmic a la identificació de nous gens i processos d'interès en investigació bàsica i aplicada.
- SA12 (Habilitat) Aplicar eines bioinformàtiques a estudis genòmics de sistemàtica i filogènia vegetal.
Continguts
- Organització, funció i regulació del genoma de plantes.
- Anàlisi i funció de transcrits.
- Evolució molecular de les plantes.
- Marcadors genètics i millorament molecular.
- Estratègies de seqüenciació i anotació genòmica.
- Aproximacions òmiques
- Eines bioinformàtiques aplicades a estudis òmics.
Activitats formatives i Metodologia
| Títol | Hores | ECTS | Resultats d'aprenentatge |
|---|---|---|---|
| Tipus: Dirigides | |||
| Clases teòriques | 24 | 0,96 | |
| Pràctiques d'aula | 4 | 0,16 | |
| Pràctiques de laboratori informàtic | 10 | 0,4 | |
| Seminaris | 5 | 0,2 | |
| Visita externa | 4 | 0,16 | |
| Tipus: Supervisades | |||
| Preparació de presentacions orals i memòria escrita per a seminaris | 51 | 2,04 | |
| Tipus: Autònomes | |||
| Treball d'estudi i aprenentatge | 50 | 2 |
- Sessions teòriques dels diferents temes del programa. Les presentacions de PowerPoint estaran disponibles al Campus Virtual UAB.
- Lectura i anàlisi de treballs de recerca seleccionats, per part dels estudiants, per a la seva presentació i discussió en les sessions del seminaris.
- Sessions pràctiques sobre eines bioinformàtiques aplicades a estudis òmics.
- Visita al Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica (CNAG-CRG) al Parc Científic de Barcelona.
Nota: es reservaran 15 minuts d'una classe, dins del calendari establert pel centre/titulació, per a la complementació per part de l'alumnat de les enquestes d'avaluació de l'actuació del professorat i d'avaluació de l'assignatura/mòdul.
Avaluació
Activitats d'avaluació continuada
| Títol | Pes | Hores | ECTS | Resultats d'aprenentatge |
|---|---|---|---|---|
| Examen escrit | 30 | 2 | 0,08 | CA05, KA05, KA06, SA11 |
| Informe escrit (filogenòmica) | 20 | 0 | 0 | KA06, SA10, SA12 |
| Informe escrit (seminari) | 25 | 0 | 0 | CA05, CA06, KA05, SA09, SA11 |
| Presentació oral (seminari) | 25 | 0 | 0 | CA05, CA06, KA05, SA09, SA11 |
- Examen tipus test
- Informe escrit de la pràctica de filogenòmica
- Informe escrit del treball presentat al seminari
- Presentació oral y defensa en la sessió de seminari
- Assistència y participació en les classes i seminari
- L'estudiant superarà l'assignatura quan la suma de les seves qualificacions arribi a un mínim de 5 sobre 10
Aquesta assignatura no preveu el sistema d’avaluació única
Bibliografia
Es proporcionarà bibliografia específica (llibres, capítols de llibre i articles de revista) i enllaços útils relacionats amb Genòmica de plantes a les diferents sessions de l'assignatura.
Programari
Genòmica Vegetal, presentació de l'assignatura. Programa de sessions. Seminaris. Avaluació. Visita al CNAG-CRG.
Organització dels genomes vegetals. Genoma nuclear. Ploïdia. Regions codificants i no codificants del genoma. DNA repetitiu. Evolució de gens. Pseudògens. Anotació genòmica. Genomes de plàstits i mitocondris. Edició de l'RNA. Interacció entre genomes cel·lulars.
Plasticitat del genoma vegetal i elements transponibles. Impacte dels elements transponibles en l'estructura i l'evolució dels genomes vegetals.
RNA codificant i no codificant: tipus i funcions biològiques. RNA polimerases. Funcions de l'RNA a la síntesi i el processament de proteïnes. Mecanismes de silenciament per RNAi: transcripcional i posttranscripcional. Petits RNAs: siRNAs i hpRNAs. miRNAs: acció, rols i aplicacions. lncRNA.
Epigenòmica. Estructura de la cromatina i estat d'activitat. Marques epigenètiques a plantes. Metilació del DNA. Codi d'histones.
Proteòmica.
Metabolòmica.
Marcadors moleculars. Definició. Tipus de marcadors moleculars. Mètodes d'obtenció de marcadors moleculars. Mètodes de genotipat.
Lligament genètic: mapeig de gens i trets quantitatius (QTLs).
Desequilibri de lligament i associació del genoma complet (GWAS).
Pràctica informàtica sobre dades de genotipat i construcció de mapes.
Filogenètica i evolució de les plantes. Evolució molecular de plantes. Conceptes introductoris a la filogenètica. Arbres de gens versus arbresd'espècies: homologia, ortologia, paralogia. Evolució concertada. Hibridació i introgressió. Poliploïdia. Classificació de llinatges o coalescència profunda. Marcadors moleculars utilitzats en filogenètica i filogenòmica de plantes.
Eines bioinformàtiques en estudis filogenòmics. Avaluació d'ortologia i alineació de seqüències múltiples. Distàncies genètiques i models de substitució de nucleòtids. Inferència filogenètica. Anàlisi de parsimònia. Mètodes probabilístics (Màxima versemblança). Mesures de suport estadístic. Arbres d'espècies de base coalescent.
Seqüenciació d'alt rendiment. Introducció a les plataformes de seqüenciació next-generation. Exemples d'aplicacions: seqüenciació del genoma de novo, re-seqüenciació del genoma, seqüenciació de l'exoma, seqüenciació del metiloma.
Tecnologies de seqüenciació next-generation per a transcriptòmica. Disseny dexperiments RNA-seq. Anàlisi de dades de RNA-seq (Illumina): identificació de gens expressats diferencialment. Ús pràctic de la plataforma AIR.
Visita el Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica (CNAG-CRG). Panoràmica del CNAG. Tecnologies de seqüenciació next-generation. Fonaments de la bioinformàtica per a la seqüenciació next-generation. Assemblatge i anotació de novo en genomes de plantes
Seminaris. Exposició oral de treballs de recerca publicats per part dels estudiants.
Llista d'idiomes
| Nom | Grup | Idioma | Semestre | Torn |
|---|---|---|---|---|
| (PLABm) Pràctiques de laboratori (màster) | 1 | Anglès | primer quadrimestre | matí-mixt |
| (SEMm) Seminaris (màster) | 1 | Anglès | primer quadrimestre | matí-mixt |
| (TEm) Teoria (màster) | 1 | Anglès | primer quadrimestre | matí-mixt |