Titulació | Tipus | Curs | Semestre |
---|---|---|---|
4313473 Bioinformàtica | OB | 0 | 1 |
Podeu accedir-hi des d'aquest enllaç. Per consultar l'idioma us caldrà introduir el CODI de l'assignatura. Tingueu en compte que la informació és provisional fins a 30 de novembre de 2023.
Per al desenvolupament general del curs, es recomana tenir un nivell B2 d'anglès o similar.
Per al mòdul de programació, és molt recomanable tenir nocions bàsiques de Linux com a usuari (conèixer les eines bàsiques d'edició d'arxius de texte i de gestió de carpetes i permissos)
Els objectius generals d'aquest mòdul són l'aplicació de les eines i tècniques bàsiques per al desenvolupament en aquesta àrea. Es treballen les capacitats de resoldre reptes i adaptar-se a les tecnologies i paradigmes de la bioinformàtica.
1. Linux (Comandes i shell scripting)
Comandes bàsiques, gestió de usuari, gestió de software i sistema d’arxius
Eines de processament de text i de processament de text
Redireccions, pipes, i filters
Programació de shell scripts amb Bash
2. Llenguatges de programació
Introducció a la programació amb Python dins Bioinformatics
Variables, expressions, tipus de dades, operadors, construccions programàtiques i contextos
Functions, modulis, i subroutines
Programació recursiva
Entrada/Sortida
Depuració de codi
Altres llenguatges de programació: R
3. Estructures de dades i processament de dades
Estructures de dades bàsiques (strings, lists, tuple, sets i dictionaries)
Estructures de dades niades i objectes
Arbres i grafs
Modelatge i representació de dades en bioinformática
Formats bàsics en bioinformática (FASTQ, SAM, VCF)
Expressions regulars
4. Algorithms in bioinformatics
Introducció a la complexitat algorítmica
Algorismes "Divide and conquer"
Enumeració combinatòria i backtracking
Programació dinàmica
5. Eines i librerias en bioinformática
Eines per a la visualització de dades
Introducció a Biopython
Introducció a NumPy i Pandas
La metodologia combinará treball a l'aula, solució de problemes supervisada a classe, treball no supervisat en el laboratori i treball a realitzar de forma individual a partir de les lectures recomanades i entregues a realitzar. S'utilitzarà una plataforma virtual per a l'entrega dels informes dels treballs.
Nota: es reservaran 15 minuts d'una classe, dins del calendari establert pel centre/titulació, per a la complementació per part de l'alumnat de les enquestes d'avaluació de l'actuació del professorat i d'avaluació de l'assignatura/mòdul.
Títol | Hores | ECTS | Resultats d'aprenentatge |
---|---|---|---|
Tipus: Dirigides | |||
Solució de problemes a l'aula | 14 | 0,56 | 1, 5, 6, 7 |
Treball realitzat a l'aula | 20 | 0,8 | 1, 2, 3, 5, 6, 7 |
Treball realitzat en el laboratori | 12 | 0,48 | 1, 3, 4, 5, 7, 8 |
Tipus: Supervisades | |||
Treball realitzat al laboratori a partir de les lectures recomenades | 15 | 0,6 | 1, 4, 6, 7, 8 |
Tipus: Autònomes | |||
Treball realitzat de forma setmanal sobre els entregables i materials proporcionats | 83 | 3,32 | 1, 2, 5, 6, 8 |
La metodologia combinarà treball a classe, solució de problemes a classe, treball autònom en el laboratori i fora del laboratori. S'utilitzaran les plataformes virtuals pel seguiment del curs. Cap de les activitats d’avaluació individuals representarà més del 50% de la nota final.
Examen de recuperació
Per poder participar en el procés de recuperació, l'alumnat haurà d’haver participat prèviament en com a mínim l'equivalent a dos terços de la nota final del mòdul en activitats d'avaluació. El professorat informarà dels procediments i terminis per al procés de recuperació. Cal notar que les activitats realitzades dins de classe de forma contínua no poden recuperar-se.
No avaluable
L'alumnat serà qualificat com a "No avaluable" quan el pes de l'avaluació en què ha participat sigui inferior a l’equivalent al 67% de la nota final del mòdul.
Aquesta assignatura/mòdul no preveu el sistema d’avaluació única.
Títol | Pes | Hores | ECTS | Resultats d'aprenentatge |
---|---|---|---|---|
Avaluació del treball realitzat per l'alumnat durant el mòdul | 10% | 1 | 0,04 | 1, 4, 5, 6, 8 |
Examens individuals teòrics i pràctics | 50% | 2 | 0,08 | 1, 2, 3, 6, 7, 9 |
Exàmen final | 30% | 1 | 0,04 | 1, 6, 7 |
Treball al laboratori, individual i en grup | 10% | 2 | 0,08 | 1, 2, 3, 4, 5, 6, 8 |
Webs de referència:
Recursos digitals a la biblioteca UAB:
Linux (Ubuntu, Bash, linux-tools, etc)
Python 2.7/3.x
Jupyter Notebook / PyCharm
R/RStudio
Matplotlib/Seaborn
Numpy/Pandas