Biocatàlisi
Codi: 100764 Crèdits: 6| Titulació | Tipus | Curs | Semestre |
|---|---|---|---|
| 2500250 Biologia | OT | 4 | 2 |
Professor/a de contacte
- Nom:
- Josep Antoni Biosca Vaque
- Correu electrònic:
- josep.biosca@uab.cat
Idiomes dels grups
Podeu accedir-hi des d'aquest enllaç. Per consultar l'idioma us caldrà introduir el CODI de l'assignatura. Tingueu en compte que la informació és provisional fins a 30 de novembre de 2023.
Prerequisits
No hi ha prerequisits oficials. De tota manera, part dels continguts de les assignatures de 1r curs i 2n curs són necessaris per a poder seguir correctament l'assignatura. En especial, els de les assignatures següents: Estructura i Funció de Biomolècules i Biosenyalització i Metabolisme.
Objectius
L'assignatura Biocatàlisi es centra en l’estudi dels enzims, les seves propietats i aplicacions. El coneixement dels enzims és clau en el marc de la Bioquímica, Biologia Molecular i ciències relacionades, atès el seu paper com a catalitzadors de les reaccions biològiques i les aplicacions en els processos biotecnològics. L'assignatura analitza els enzims des de diferents perspectives: activitat, cinètica, mecanismes i aplicacions. L'objectiu general de l'assignatura és proporcionar els fonaments per a l'anàlisi, caracterització i ús dels enzims des de les perspectives de la recerca i de l'aplicació biotecnològica i biomèdica.
Objectius concrets de l'assignatura:
Coneixement de les característiques generals, classificació i mètodes d'assaig de l'activitat enzimàtica.
Anàlisi de la cinètica enzimàtica i determinació i significat dels paràmetres cinètics.
Coneixement de la inhibició enzimàtica i les seves aplicacions, especialment en el camp dels fàrmacs.
Anàlisi del centre actiu i coneixement dels mètodes de caracterització.
Anàlisi dels mecanismes enzimàtics i de regulació.
Aplicacions biomèdiques i biotecnològiques dels enzims.
Utilització de software per estudiar la estructura dels enzims i de molècules moduladores, així com també per estudiar la cinètica enzimàtica.
Competències
- Actuar amb responsabilitat ètica i amb respecte pels drets i deures fonamentals, la diversitat i els valors democràtics.
- Actuar en l'àmbit de coneixement propi avaluant les desigualtats per raó de sexe/gènere.
- Actuar en l'àmbit de coneixement propi valorant l'impacte social, econòmic i mediambiental.
- Aplicar recursos estadístics i informàtics a la interpretació de dades.
- Comprendre els processos que determinen el funcionament dels éssers vius en cada un dels seus nivells d'organització.
- Comprendre i interpretar els fonaments fisicoquímics dels processos bàsics dels éssers vius.
- Fer proves funcionals i determinar, valorar i interpretar paràmetres vitals.
- Introduir canvis en els mètodes i els processos de l'àmbit de coneixement per donar respostes innovadores a les necessitats i demandes de la societat.
- Obtenir informació, dissenyar experiments i interpretar els resultats biològics.
- Que els estudiants hagin demostrat que comprenen i tenen coneixements en una àrea d'estudi que parteix de la base de l'educació secundària general, i se sol trobar a un nivell que, si bé es basa en llibres de text avançats, inclou també alguns aspectes que impliquen coneixements procedents de l'avantguarda d'aquell camp d'estudi.
- Que els estudiants hagin desenvolupat aquelles habilitats d'aprenentatge necessàries per emprendre estudis posteriors amb un alt grau d'autonomia.
- Que els estudiants puguin transmetre informació, idees, problemes i solucions a un públic tant especialitzat com no especialitzat.
- Que els estudiants sàpiguen aplicar els coneixements propis a la seva feina o vocació d'una manera professional i tinguin les competències que se solen demostrar per mitjà de l'elaboració i la defensa d'arguments i la resolució de problemes dins de la seva àrea d'estudi.
- Que els estudiants tinguin la capacitat de reunir i interpretar dades rellevants (normalment dins de la seva àrea d'estudi) per emetre judicis que incloguin una reflexió sobre temes destacats d'índole social, científica o ètica.
- Tenir capacitat d'anàlisi i de síntesi.
- Tenir capacitat d'organització i planificació
Resultats d'aprenentatge
- Actuar en l'àmbit de coneixement propi avaluant les desigualtats per raó de sexe/gènere.
- Actuar en l'àmbit de coneixement propi valorant l'impacte social, econòmic i mediambiental.
- Analitzar correctament dades sobre constants d'afinitat i llocs d'unió lligand-macromolècula.
- Analitzar críticament els principis, valors i procediments que regeixen l'exercici de la professió.
- Analitzar una situació i identificar-ne els punts de millora.
- Aplicar recursos estadístics i informàtics a la interpretació de dades.
- Avaluar la idoneïtat dels mètodes de determinació d'activitats enzimàtiques i analitzar l'efecte de les condicions experimentals d'assaig.
- Calcular i interpretar els paràmetres cinètics de les reaccions enzimàtiques, mitjançant mètodes gràfics i utilitzant programes informàtics.
- Descriure els fonaments fisicoquímics de la catàlisi enzimàtica.
- Descriure les bases estructurals i els principals mecanismes de catàlisi enzimàtica i com es regulen.
- Identificar els principals mecanismes d'inhibició enzimàtica, conèixer-ne el significat biològic i calcular i interpretar les constants corresponents.
- Obtenir informació sobre la base estructural dels enzims i els seus mecanismes en les principals bases de dades.
- Proposar nous mètodes o solucions alternatives fonamentades.
- Que els estudiants hagin demostrat que comprenen i tenen coneixements en una àrea d'estudi que parteix de la base de l'educació secundària general, i se sol trobar a un nivell que, si bé es basa en llibres de text avançats, inclou també alguns aspectes que impliquen coneixements procedents de l'avantguarda d'aquell camp d'estudi.
- Que els estudiants hagin desenvolupat aquelles habilitats d'aprenentatge necessàries per emprendre estudis posteriors amb un alt grau d'autonomia.
- Que els estudiants puguin transmetre informació, idees, problemes i solucions a un públic tant especialitzat com no especialitzat.
- Que els estudiants sàpiguen aplicar els coneixements propis a la seva feina o vocació d'una manera professional i tinguin les competències que se solen demostrar per mitjà de l'elaboració i la defensa d'arguments i la resolució de problemes dins de la seva àrea d'estudi.
- Que els estudiants tinguin la capacitat de reunir i interpretar dades rellevants (normalment dins de la seva àrea d'estudi) per emetre judicis que incloguin una reflexió sobre temes destacats d'índole social, científica o ètica.
- Tenir capacitat d'anàlisi i de síntesi.
- Tenir capacitat d'organització i planificació.
- Utilitzar bases de dades d'enzims en relació amb l'activitat, les funcions i les aplicacions.
Continguts
Temes de teoria.
Tema 1. Introducció a la biocatàlisi.
Concepte de biocatàlisi. Mercat i utilització dels biocatalitzadors. Prejudicis en la utilització d'enzims. Perspectiva històrica. Onades d'innovació en la biocatàlisi. Avantatges i inconvenients dels biocatalitzadors. Diferents tipus de processos de biocatàlisi. Sistemes cel·lulars i enzimàtics: propietats. Factors a considerar en un procés de biocatàlisi: font del biocatalitzador i optimització del procés.
Tema 2. Propietats, classificació i nomenclatura dels enzims.
Propietats generals dels enzims: Concepte i significació biològica, química i pràctica. Definicions. Complex enzim-substrat. Disminució de l'energia d'activació. Estat de transició. Cofactors enzimàtics. Nomenclatura i classificació dels enzims. Bases de dades amb informació d'enzims.
Tema 3. Mètodes de determinació de l'activitat enzimàtica i d'obtenció d'enzims.
Obtenció i caracterització dels enzims. Fonts d'obtenció. Tècniques per a l’extracció d'enzims. Purificació d'enzims. Anàlisi del procés de purificació. Mètodes de determinació de l'activitat enzimàtica. Assajos directes i indirectes, continus i discontinus. Velocitat inicial: concepte, determinació, representació. Unitats d'activitat enzimàtica. Efecte de la concentració d'enzim.
Tema 4. Anàlisi de la cinètica enzimàtica.
Cinètica enzimàtica. Reaccions amb un substrat. Efecte de la concentració de substrat: equació de Michaelis-Menten. Estat pre-estacionari i estat estacionari: conceptes. Hipòtesi d'estat estacionari: tractament de Briggs-Haldane. Reaccions enzimàtiques amb més d'un complex intermedi enzim-substrat. Significat dels paràmetres cinètics kcat, KM i kcat/KM. Determinació dels paràmetres cinètics. Mètodes amb representacions lineals: Lineweaver-Burk, Eadie-Hofstee i Hanes-Woolf. Altres mètodes: regressió no lineal i mètode directe (Eisenthal i Cornish-Bowden). Equació de Michaelis-Menten per a reaccions reversibles: relació de Haldane.
Tema 5. Inhibició de la catàlisi enzimàtica.
Inhibició de la catàlisi enzimàtica: tipus d'inhibidors. Inhibidors reversibles: inhibició competitiva, inhibició acompetitiva i mixta (inclou la inhibició no competitiva). Model general. Anàlisi gràfica dels diferents tipus d'inhibició. Determinació de les constants d'inhibició. Concepte de IC50 i la seva relació amb les constants d'inhibició. Inhibició per excés de substrat. Discriminació entre substrats competitius. Inhibidors pseudoirreversibles i inhibidors irreversibles. Marcadors per afinitat. Inhibidors suïcides. Utilització d'inhibidors com a fàrmacs.
Tema 6. Anàlisi de la cinètica enzimàtica en reaccions amb més d'un substrat.
Reaccions amb més d'un substrat: notació de Cleland. Mecanisme seqüencial ordenat, mecanisme seqüencial estadístic, mecanisme de doble desplaçament (ping-pong). Tractament matemàtic i anàlisi gràfica. Mètodes per a la determinació del tipus de mecanisme. Intercanvi isotòpic i efecte isotòpic.
Tema 7. Cinètica dels estats efímers o fugaços ("transients").
Característiques dels mètodes de cinètica ràpida. Mètodes de mescla: flux continu ("continuous flow"), flux detingut ("stopped-flow") i flux extingit ("quenched-flow"). Mètodes de relaxació: salt de temperatura (T-jump), salt de pressió (P-jump). "Bursts" i "lags". Anàlisi del "Burst" d'una reacció: determinació de la concentració de centres actius. Aplicació de les tècniques de cinètica ràpida al procés de fixació del N2.
Tema 8. Efecte del pH i de la temperatura en les reaccions enzimàtiques.
Efecte de la temperatura sobre la cinètica enzimàtica. Representació d'Arrhenius. Enzims d'organismes extremòfils. Efectes del pH sobre la cinètica enzimàtica. Influència del pH sobre els paràmetres cinètics. Ionització de residus essencials. Avaluació de les constants de ionització. Identificació dels grups ionitzables implicats en els processos d'unió i catàlisi. Efectes del microentorn sobre el pK. Exemples.
Tema 9. Cooperativitat i al·losterisme.
Unió de lligands a proteïnes. Concepte i tipus de cooperativitat. Anàlisi de la cooperativitat. Equació d'Adair. Equació de Hill. Unió de l'oxigen a l'hemoglobina. Models de cooperativitat. Model de Monod, Wyman i Changeux. Explicació dels efectes cooperatius homotròpics pel model MWC. Enzims al·lostèrics. Sistemes K i sistemes V. Model de Koshland, Nemethy i Filmer. Model general. Exemple d'enzim amb regulació al·lostèrica: aspartat transcarbamilasa.
Tema 10. Especificitat enzimàtica.
El centre actiu, especificitat i estructura tridimensional. Definició de centre actiu. Característiques del centre actiu. Teories sobre l'acoblament entre l'enzim i el substrat. Teoria de Fisher (pany i clau). Teoria de Koshland ("induced fit" o acoblament induït). La hexoquinasa com a exemple d'acoblament induït. Teoria de la selecció conformacional. Hipòtesi de la unió a tres punts. Hipòtesis que impliquen tensió. Estabilització de l'estat de transició. Evidències que recolzen la teoria de l'estat de transició. Anticossos catalítics. Aplicacions dels anticossos catalítics.
Tema 11. Estudi del centre actiu.
Investigació de l'estructura tridimensional de proteïnes: raigs X, RMN, crio-microscòpia electrònica. Identificació dels centres d'unió i de catàlisi. Modificació química amb inhibidors irreversibles específics. Marcadors per afinitat. Inhibidors suïcides, exemples amb interès farmacològic. Mutagènesi dirigida. Les serina-proteases: subtilisina. Endonucleases de restricció. Mecanismes "editorials" i de correcció d'errors: aminoacil-tRNA sintetases.
Tema 12. Mecanismes de catàlisi enzimàtica.
Mecanismes de catàlisi. Introducció als mecanismes de l'acció enzimàtica. Catàlisi àcido-bàsica. Triosa fosfat isomerasa. Catàlisi covalent. Serina proteases i aminotransferases. Catàlisi amb ions metàl·lics. Mecanismes de l'alcohol deshidrogenasa i de l'anhidrasa carbònica. Efecte de l'entorn: catàlisi electrostàtica. El lisozim i la superòxid dismutasa. Efectes de proximitat i orientació. Canalització d'intermediaris. Enzims multifuncionals. Enzims amb funcions addicionals no enzimàtiques "moonlighting enzymes".
Tema 13. Cofactors i ribozims.
Cofactors i ribozims. Activitat catalítica del RNA. Tipus de ribozims. El ribosoma és unribozim. Significat biològic dels ribozims. Món RNA. Aplicacions dels ribozims.
Tema 14. Regulació de l'activitat enzimàtica.
Regulació de l'activitat enzimàtica. Modificació de la concentració d'enzim. Regulació de la síntesi i degradació dels enzims. Mecanismes de degradació. Variació de la velocitat enzimàtica en funció de la concentració de substrat, producte i cofactors. Activació per precursor i retroinhibició. Significat funcional de la cooperativitat i el al·losterisme. Control hormonal. Isoenzims. Polimerització-despolimerització. Unió a altres proteïnes. Modificació covalent irreversible. Modificació covalent reversible. Sistemes de cascada enzimàtica.
Tema 15. Aplicacions biomèdiques i biotecnològiques dels enzims.
Enzims en bioquímica clínica i biotecnologia. Enzims com agents terapèutics. Enzims indicadors de patologies. Enzims plasmàtics. Factors que afecten els nivells del enzims plasmàtics. Exemples d'enzims amb interès diagnòstic. Aminotransferases. Creatina quinasa. Lactat deshidrogenasa. Indicadors de l'infart de miocardi. Enzims com a reactius en bioquímica clínica. Enzims i errors congènits del metabolisme, exemples. Enzims en la indústria. Producció en gran escala d'enzims. Aplicacions: fàrmacs, indústria alimentària, detergents, industria tèxtil. Enzims immobilitzats. Enzims com a biosensors.
Tema 16. Evolució dirigida.
Mètodes per millorar la biocatàlisi. Disseny i síntesi de nous catalitzadors. Evolució dirigida. Generació de mutants. Selecció i cribratge de l'activitat enzimàtica. Re-disseny d'enzims per a modificar la seva termoestabilitat i enantioselectivitat. Evolució adaptativa al laboratori.
PROBLEMES
Hi haurà cinc sessions de resolució de problemes, en les que es plantejaran problemes de purificació d'enzims, determinació de paràmetres cinètics en absència i presència d'inhibidors, així com caracterització de mecanismes d'inhibició i elucidació dels mecanismes de reaccions bi-substrat. Els enunciats dels problemes es lliuraran a través del Campus Virtual.
Lliurament de treballs en Grup pel Campus Virtual:
Es proposaran dos treballs a través del Campus Virtual, que hauran de ser resolts pels equips (de dos/tres persones) d’alumnes formats a l’inici del curs. Els treballs, de temàtiques relacionades amb temes tractats a classe, hauran de ser lliurats abans d'una data concreta a través del Campus Virtual.
PRÀCTIQUES
S'organitzen en 2 sessions de 4 hores al laboratori, una sessió d'una hora al Servei d'Anàlisi Química i una sessió de tres hores a l'aula d'informàtica.
Programa: Caracterització d'un enzim sobreexpressat en el llevat (Saccharomyces cerevisiae). Anàlisi de I'estereospecificitat de la reacció envers diferents substrats emprant cromatografia de gasos. Determinació dels paràmetres cinètics en condicions d'estat estacionari, utilitzant "programari" específic.
Metodologia
L'assignatura de Biocatàlisi consta de classes teòriques, lliurament de treballs pel campus virtual, classes de problemes i classes de pràctiques. A continuació es descriu l'organització i la metodologia docent que es seguirà en aquestes activitats.
Classes de teoria:
El contingut del programa de teoria serà impartit principalment en forma de classes magistrals amb suport audiovisual. Les presentacions utilitzades a classe estaran a disposició dels alumnes al Campus Virtual de l'assignatura abans de l'inici de cadascun dels temes. Aquestes sessions expositives constituiran la part més important de l'apartat de teoria. És recomanable que els alumnes disposin del material publicat al Campus Virtual en forma impresa per tal de poder seguir les classes amb més comoditat. S'aconsella que els alumnes consultin de forma regular els llibres recomanats a l'apartat de Bibliografia d'aquesta guia docent per tal de consolidar i clarificar, si és necessari, els continguts explicats a classe. També és aconsellable que els alumnes utilitzin els enllaços indicats al Campus Virtual, que contenen vídeos i animacions relacionats amb els processos explicats a classe.
Lliurament de treballs en grup:
Aquesta activitat pretén treballar la competència del treball en equip, mitjançant l'organització de l'alumnat en grups de treball en els que tots els membres hauran de participar activament en la redacció i presentació dels treballs.
La metodologia d'aquesta activitat serà la següent:
A l'inici del curs els alumnes s'organitzaran en grups de dos o tres persones, inscrivint els grups a través del Campus Virtual abans de la data límit indicada pel professor (vegeu Programació de l'assignatura). Els grups treballaran els temes indicats per a aquesta activitat fora de l'horari de classe. Els treballs es lliuraran a través del Campus Virtual. La qualificació obtinguda serà aplicable a tots els membres del grup de treball al que pertanyi l'alumne.
Els enunciats dels lliuraments es publicaran a través del Campus Virtual on també s'indicaran les dates d'entrega.
Classes de resolució de problemes:
Hi haurà 5 sessions de problemes que es dedicaran a la resolució dels tipus de problemes més relacionats amb els continguts del programa de teoria. Es pretén que aquestes classes serveixin per consolidar els continguts prèviament treballats a les classes de teoria i també perquè l'alumne es familiaritzi amb algunes de les estratègies experimentals, amb la interpretació de dades científiques i la resolució de problemes basats en situacions experimentals reals.
Els enunciats dels problemes es lliuraran a través del Campus Virtual amb antelació a la classe de problemes en la que s'hagin de tractar.
Classes de pràctiques:
Hi haurà 2 sessions de 4 hores, una sessió de una hora i una sessió de tres hores, amb el contingut següent:
1.- Determinació de l'activitat de l'enzim Bdh1p en extractes de llevat (que sobre-expressen aquest enzim). Càlcul de l'activitat en U/mL d'extracte, enfront diferents substrats.
2.- Determinació dels paràmetres cinètics per l'enzim Bdh1p enfront acetoïna. Preparació de barreges de reacció amb diferents substrats. Determinació de les velocitats inicials enfront acetoïna i determinació dels paràmetres cinètics amb un full de càlcul.
3.- Separació de substrats i productes de les barreges de reacció per extracció amb acetat d'etil. Caracterització dels substrats i productes de la reacció de Bdh1p mitjançant la separació dels mateixos en una columna quiral ubicada en un cromatògraf de gasos.
4.- Utilització d'un programa informàtic per a la determinació dels paràmetres cinètics de Bdh1p. Anàlisi de diferents patrons d'inhibició. Utilització d'un programa informàtic per estudiar la estructura dels enzims.
Tutories
Es realitzarà una sessió de tutoria del grup classe abans de les proves parcials 1 i 2 i, a petició dels alumnes, tutories individuals. En el cas que el nombre de sol·licituds sigui elevat es realitzaran. de manera addicional, tutories d'aula que s'anunciarien oportunament a través del Campus Virtual. L'objectiu d'aquestes sessions serà el de resoldre dubtes, repassar conceptes bàsics i orientar sobre les fonts d'informació consultades.
Material disponible al Campus Virtual de l'assignatura:
Presentacions utilitzades pel professor a classes de teoria. Lliuraments. Enunciats dels problemes. Protocol de les classes pràctiques. Calendari de les activitats docents (classes d'aula, tutories i avaluacions).
Nota: es reservaran 15 minuts d'una classe, dins del calendari establert pel centre/titulació, per a la complementació per part de l'alumnat de les enquestes d'avaluació de l'actuació del professorat i d'avaluació de l'assignatura/mòdul.
Activitats formatives
| Títol | Hores | ECTS | Resultats d'aprenentatge |
|---|---|---|---|
| Tipus: Dirigides | |||
| Classes de pràctiques | 12 | 0,48 | 6, 7, 8, 11, 20, 21 |
| Classes de resolució de problemes | 5 | 0,2 | 3, 6, 7, 8, 11, 20, 21 |
| Classes de teoria | 35 | 1,4 | 1, 2, 4, 5, 7, 9, 10, 11, 12, 13, 20, 21 |
| Tipus: Supervisades | |||
| Tutories en grup | 2 | 0,08 | 7, 9, 10, 19 |
| Tipus: Autònomes | |||
| Estudi | 50 | 2 | 3, 9, 10, 11, 12, 19, 20, 21 |
| Lliuraments pel Campus virtual | 11 | 0,44 | 12, 19, 20, 21 |
| Resolució de problemes | 20 | 0,8 | 3, 6, 7, 8, 11, 19, 20, 21 |
Avaluació
Aquesta assignatura contempla dues modalitats d'avaluació: continuada i única.
Avaluació continuada.
L'objectiu de l'avaluació continuada és el d'incentivar l'esforç de l'alumne al llarg de tot el temari, permetent avaluar el seu grau de seguiment i comprensió de la matèria.
Proves parcials de teoria. Avaluació individual (6/10)
- L'avaluació d'aquesta activitat es realitzarà mitjançant dues proves escrites en les que l'alumne ha de demostrar el seu grau d'assoliment dels conceptes teòrics.
- Cadascuna de les proves tindrà un pes global del 30%. La primera estarà programada a mitjans del semestre i la segona a finals del semestre. Les dues proves inclouran preguntes tipus "test" i preguntes curtes relacionades amb les classes de teoria.
Prova de problemes. Avaluació individual (1/10)
El dia de la segona prova parcial de teoria, s'hauran de resoldre tres problemes dels tipus tractats a les classes de problemes. El resultat d'aquesta prova tindrà un pes global del 10%.
Lliuraments pel Campus Virtual. Avaluació grupal (1,5/10).
Es faran durant el curs dos lliuraments relacionats amb el contingut donat a les classes de teoria i problemes. Els treballs elaborats en grups de 2-3 persones es lliuraran a través del Campus Virtual. Per a la valoració es tindrà en compte no tant sols la resolució correcta del treball sinó també el seu plantejament i presentació. Tot el grup rebrà la mateixa qualificació. Si es considera necessari el professor podrà sol·licitar que s'empleni de manera individual un qüestionari referent a la feina del grup. Tot i que els resultats d'aquest qüestionari no tindran d'entrada un pes específic en la qualificació de l'assignatura, en cas de detectar valoracions negatives d'una persona per part de la resta de membres del seu grup que demostrin que no ha participat en el treball, la qualificació obtinguda pel grup no se li aplicarà o bé se li podrà reduir.
Assistència a les classes pràctiques i realització dela memòria. Avaluació grupal (1,5/10).
L'alumne haurà de portar el material adient com bata, ulleres de protecció i el guió de pràctiques (prèviament treballat a casa). S'avaluarà l'actitud de l'alumne al laboratori, així com el seu treball. L'alumne entregarà una memòria de pràctiques el dia fitxat pel professor en la que haurà respòs les qüestions plantejades. L'avaluació de l'actitud suposarà el 25% de la nota i l'avaluació de la memòria presentada, l'altre 75% del total de la nota.
Prova de recuperació .
L’alumnat que no hagi obtingut una nota igual o superior a 5, haurà de realitzar l'examen de recuperació, en el que podrà triar entre examinar-se de la matèria del 1er parcial de teoria i/o la del segon parcial de teoria i/o problemes.
Les activitats de lliuraments de treballas a través del campus virtual i l'assistència i presentació de la memòria de les classes pràctiques no són recuperables.
Avaluació única.
Teoria (60 % de la nota global)
Avaluació individual mitjançant:
Una prova final, que es realitzarà al mateix moment que el segon examen parcial de l'assignatura, en la que la matèria serà la de tota l'assignatura. En aquesta prova hi hauran preguntes de tipus test i preguntes curtes. El pes d'aquesta prova serà del 60% de la nota global.
Problemes (10 % de la nota global).
Una prova final, que es realitzarà al mateix moment que el segon examen parcial de l'assignatura, en la que s'hauran de resoldre tres problemes de tota la matèria de l'assignatura. El pes d'aquesta prova serà del 10% de la nota global.
LLIuraments pel Campus virtual: (15 % de la nota global).
El contingut i normes d'aquest apartat, és el mateix que el descrit en l'epígraf de l'avaluació continuada.
Assistència a les classes pràctiques i realització dela memòria. Avaluació grupal (15 % de la nota global).
El contingut i normes d'aquest apartat, és el mateix que el descrit en l'epígraf de l'avaluació continuada.
En tots els casos es tindrà en compte a més dels coneixements l'adquisició de competències de comunicació escrita.
Prova de recuperació.
L’alumnat que no hagi obtingut una nota igual o superior a 5, haurà de realitzar l'examen de recuperació, en el que podrà triar entre examinar-se de la matèria de teoria de tot el curs i/o problemes.
Avaluació global de l'assignatura.
En cas d'avaluació continuada, l'avaluació global de l'assignatura inclourà les qualificacions de les dues proves parcials de teoria i la prova de problemes, així com el lliurament de treballs en grup i l'assistència i presentació de memòria de les classes pràctiques. Sobre un total de 10 punts, caldrà obtenir una qualificació global igual o superior a 5 punts per superar la assignatura.
En el cas d'avaluació única, l'avaluació global de l'assignatura inclourà les qualificacions de la prova final de teoria i de la de problemes, així com el lliurament de treballs en grup i l'assistència i presentació de la memòria de les classes de pràctiques. Sobre un total de 10 punts, caldrà obtenir una qualificació global igual o superior a 5 punts per superar la assignatura.
Els estudiants que no puguin assistir a una prova d'avaluació individual per causa justificada (com ara per malaltia, defunció d'un familiar de primer grau ó accident) i aportin la documentació oficial corresponent al professor o al Coordinador de Grau, tindran dret a realitzar la prova en qüestió en un altre data.
Activitats d'avaluació continuada
| Títol | Pes | Hores | ECTS | Resultats d'aprenentatge |
|---|---|---|---|---|
| Avaluació continuada : dues proves parcials de teoria. Avaluació única: prova final de teoria. | 60 | 5 | 0,2 | 1, 2, 4, 5, 7, 9, 10, 11, 13, 19 |
| Lliuraments pel Campus virtual | 15 | 0 | 0 | 1, 2, 4, 7, 12, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21 |
| Prova de problemes | 10 | 2 | 0,08 | 3, 7, 8, 11, 20 |
| Realització de la memòria de pràctiques | 15 | 8 | 0,32 | 6, 7, 8, 11, 12, 19, 20, 21 |
Bibliografia
Bibliografia més rellevant.
Obres específiques
- Biocatalysis. Fundamentals and applications (2004). A. S. Bommarius, B. R. Riebel. Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. Accés on line UAB:
- Biocatalysis. Biochemical Fundamentals and Applications (2018). P. Grunwald. World Scientific. 2nd Edition.
- Biomolecular kinetics. A step-by-step guide. (2017). C. Bagshaw. 1st edition. CRC Press.
- Biotransformations in Organic Chemistry. 6th ed. K. Faber (2011). Ed. Springer. Accés on line UAB:
- Enzyme Assays. A Practical Approach. R. Eisenthal and M. J. Danson (2002) 2nd ed. Oxford University Press. Oxford.
- Enzyme Kinetics: Principles and Methods, Third, enlarged and improved Edition. Bisswanger, H. 2017. WileyVCH Verlag GmbH & Co. KGaA. Accés on line UAB:
- Enzyme Kinetics: Catalysis & control: a reference of theory and best-practice methods. 2010. Purich, D.L.Elsevier Academic San Diego, California (recurs electrònic).
- Enzymes: Biochemistry, Biotechnology, Clinical Chemistry. Palmer, T., Bonner, P. 2nd ed. 2007. Elsevier. Accés on line UAB:
- Exploring proteins, a student's guideto experimental skills and methods. Price, N.C.Ed. Oxford University Press, 2009
- Evaluation of enzyme inhibitors in drug discovery. R. A. Copeland (2013). 2nd ed. Wiley Interscience. John Wiley & Sons.
https://onlinelibrary-wiley-com.are.uab.cat/doi/book/10.1002/9781118540398
- Fundamentals of Enzyme Kinetics. A. Cornish-Bowden (2012). 4th edition. Wiley-Blackwell.
- Industrial Enzymes. Structure, Function and Applications (2007). Ed. J. Polaina and A.P. MacCabe. Springer.
- Structure and Mechanism in Protein Science. A guide to Enzyme Catalysis and Protein Folding (1998). A. Fersht. W.H. Freeman & Company.
Obres Generals
- “Biochemistry” (2019). Berg, J.M., Tymoczko, J.L, Gatto, Jr., Stryer, L 9ª ed. MacMillan International. New York
- "Biochemistry" (2013), Mathews, C. K., van Holde, K. E., Appling, D., Anthony-Cahill, S. 4ª ed. Pearson Education. Upper Saddle River.
- “Voet's Principles of Biochemistry” (2018). Voet D.,Voet J.G. i Pratt C.W. 5th Edition, Global Edition (2018). Wiley.
- “Fundamentos de Bioquímica. La vida a nivel molecular" (2016). Voet D., Voet J.G. i Pratt C.W. 4ª ed. Ed. Médica Panamericana. Traduït de la 4ª ed. anglesa de l'any 2013. Accés des de la UAB: https://www-medicapanamericana-com.are.uab.cat/VisorEbookV2/Ebook/9786079356972#{%22Pagina%22:%22Portada%22,%22Vista%22:%22Indice%22,%22Busqueda%22:%22%22}
- "Bioquímica" (2013). Mathews, C. K., van Holde, K. E., Appling, D., Anthony-Cahill, S. 4ª ed. Addison/Wesley. McGraw-Hill/Interamericana. Madrid.
Traduït de la 4a ed. en anglès de l'any 2013 publicada per Pearson Education.
- "Bioquímica con aplicaciones clínicas" (2013). Stryer,L., Berg, J.M., Tymoczko, J.L. 7a ed. Ed. Reverté.
Traduït de la 7a ed. en anglès de l'any 2012 publicada per WH Freeman and Company.
- "Lehninger Principles of Biochemistry" (2017). Nelson, D.L. and Cox, M.M. 7ª ed. Freeman, New York.
- "Lehninger Principios de Bioquímica" (2014). Nelson, D.L. and Cox, M.M. 6ª ed. Omega. Barcelona.
Enllaços web
Els trobareu actualitzats en els fitxers de l'assignatura al Campus Virtual.
Programari
Els programes que s'utilitzaran durant el curs són:
COPASI.
COPASI és un programa per a la simulació i anàlisi de xarxes bioquímiques i la seva dinàmica.
PYMOL.
És un programa de visualització molecular.
JSME i CHEMSKETCH.
Software que permet dibuixar estructures de compostos químics.