Titulación | Tipo | Curso | Semestre |
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4316231 Biología, Genómica y Biotecnología Vegetales / Plant Biology, Genomics and Biotechnology | OB | 0 | 1 |
Buen dominio de inglés
Buena formación en genética, biología molecular e ingeniería genética.
Proporcionar una visión global y actualizada de las bases teóricas y tecnológicas relacionadas con el estudio de la organización, la función y la evolución de los genomas de las plantas y sus posibles aplicaciones a la mejora genética de las plantas de cultivo.
- Organización y función del genoma de plantas.
- Estrategias de secuenciación y anotación genómica.
- Herramientas bioinformáticas aplicadas a estudios genómicos.
- Evolución molecular de las plantas.
- Marcadores genéticos y mejoramiento molecular.
- Análisis y función de transcritos.
- Sesiones teóricas que cubren los diferentes temas del programa. Las presentaciones de Powerpoint estarán disponibles, con antelación, en el Campus Virtual UAB.
- Lectura de trabajos de investigación seleccionados para su presentación y discusión en las sesiones del seminario.
- Sesiones prácticas sobre herramientas bioinformáticas aplicadas a estudios genómicos.
- Visita al Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG) en el Parque Científico de Barcelona.
Nota: se reservarán 15 minutos de una clase dentro del calendario establecido por el centro o por la titulación para que el alumnado rellene las encuestas de evaluación de la actuación del profesorado y de evaluación de la asignatura o módulo.
Título | Horas | ECTS | Resultados de aprendizaje |
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Tipo: Dirigidas | |||
Clases teòricas | 17 | 0,68 | 2, 4, 5, 1, 3, 7, 6, 9, 11, 15 |
Prácticas de aula | 2 | 0,08 | 2, 3, 10, 11, 15 |
Prácticas de laboratorio informático | 10 | 0,4 | 2, 4, 5, 3, 10, 11, 13, 15 |
Seminarios | 6 | 0,24 | 5, 6, 9, 10, 8, 12, 13, 14 |
Visita externa | 4 | 0,16 | 2, 1, 3, 11, 15 |
Tipo: Supervisadas | |||
Preparación de presentaciones orales | 30 | 1,2 | 6, 9, 10, 8, 11, 12, 15, 14 |
Tipo: Autónomas | |||
Trabajo de estudio y aprendizaje | 80 | 3,2 | 6, 10, 8, 12, 13 |
- Informes escritos (examen y ejercicios sobre bionformática).
- Presentación oral y defensa de sesión de seminario.
- Asistencia y participación en las clases y sesiones de seminarios.
- El estudiante no será "calificado" cuando la suma de notas de las diferentes evaluaciones no alcance una puntuación mínima de 5.0 (sobre 10).
Título | Peso | Horas | ECTS | Resultados de aprendizaje |
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Asistencia y participación en las clases y sesiones de seminarios | 10% | 0 | 0 | 6, 12, 13 |
Informes escritos (examen y ejercicios de bioinformática) | 70% | 1 | 0,04 | 2, 4, 5, 1, 3, 7, 9, 10, 8, 11, 12, 14 |
Presentación oral y defensa del seminario | 20% | 0 | 0 | 9, 8, 12, 15, 14 |
Se proporcionará bibliografía específica (libros, capítulos de libros y artículos de revista) y enlaces útiles relacionados con Genómica de Plantas para las diferentes sesiones del programa.
Genómica Vegetal, presentación de la asignatura. Programa de sesiones, seminarios, evaluación, visita al CNAG-CRG.
Organización de genomas vegetales. Genoma nuclear. Ploidía. Regiones codificantes y no codificantes en el genoma. DNA repetitivo. Evolución genética. Pseudogenes. Anotación genómica. Genomas de plastos y mitocondrias. Edición de RNA. Interacciones entre genomas. Epigenómica.
Plasticidad del genoma vegetal y elementos transponibles. Impacto de los elementos transponibles en la estructura y evolución de los genomas vegetales.
Marcadores moleculares. Definición. Tipos de marcadores moleculares. Métodos para la obtención de marcadores moleculares. Métodos de genotipado.
Ligamiento genético: mapeo de genes y rasgos cuantitativos (QTL).
Desequilibrio de ligamiento y Genome-Wide Association (GWAS).
Seminario/práctica informática: Jugando con datos de genotipado y construcción de mapas.
Filogenética vegetal y evolución. Evolución molecular vegetal. Conceptos introductorios a la filogenética. Árboles genéticos versus árboles de especies: homología, ortología, paralogía. Evolución concertada. Hibridación e introgresión. Poliploidía. Clasificación de linaje o coalescencia profunda. Marcadores moleculares utilizados en filogenética y filogenómica de plantas.
Herramientas bioinformáticas en estudios filogenómicos. Evaluación de ortología y alineación de secuencias múltiples. Distancias genéticas y modelos de sustitución de nucleótidos. Inferencia filogenética. Análisis de la parsimonia. Métodos probabilísticos (máxima verosimilitud). Medidas de soporte estadístico. Árboles de especies basados en coalescencia.
RNAs codificantes y no codificantes: tipos y funciones biológicas. Polimerasas de RNA. Funciones de los RNAs en la síntesis y procesamiento de proteínas. Mecanismos de silenciamiento por RNAi: transcripcional y postranscripcional. RNAs pequeños: siRNAs y hpRNAs. miRNAs: acción, funciones y aplicaciones. lncRNAs.
Secuenciación de alto rendimiento. Introducción a las plataformas de secuenciación de próxima generación. Ejemplos de aplicaciones: secuenciación de genomas de novo, re-secuenciación de genomas, secuenciación del exoma, secuenciación del metiloma.
Tecnologías de secuenciación de próxima generación para transcriptómica. Diseño de experimentos de RNA-seq. Análisis de datos de RNA-seq (Illumina): identificación de genes expresados diferencialmente. Uso práctico de la plataforma AIR.
Visita al “Centro Nacional de Análisis Genómico” (CNAG-CRG). Descripción general del CNAG. Tecnologías de secuenciación de próxima generación. Fundamentos bioinformáticos para secuenciación de próxima generación. Ensamblaje y anotación de novo en genomas de plantas
Seminarios. Presentaciones orales de los estudiantes.