Genómica microbiana
Código: 101949 Créditos ECTS: 6| Titulación | Tipo | Curso | Semestre |
|---|---|---|---|
| 2500890 Genètica | OT | 4 | 2 |
Contacto
- Nombre:
- Daniel Yero Corona
- Correo electrónico:
- daniel.yero@uab.cat
Uso de idiomas
- Lengua vehicular mayoritaria:
- español (spa)
- Algún grupo íntegramente en inglés:
- No
- Algún grupo íntegramente en catalán:
- No
- Algún grupo íntegramente en español:
- Sí
Otras observaciones sobre los idiomas
Aunque la asignatura se impartirá en español, el alumnado también podrá intervenir en catalán o inglés, y realizar los exámenes u otros ejercicios en cualquiera de las tres lenguas.Prerequisitos
Se recomienda haber cursado o estar cursando las asignaturas Biología Molecular de Procariotas, Bioinformática y Ingeniería Genética de Microorganismos.
Objetivos y contextualización
El objetivo principal de esta asignatura es ampliar la visión de la genómica microbiana y de las técnicas moleculares y de bioinformática que se utilizan así como de sus actuales y futuras aplicaciones.
Competencias
- Actuar con responsabilidad ética y con respeto por los derechos y deberes fundamentales, la diversidad y los valores democráticos.
- Actuar en el ámbito de conocimiento propio evaluando las desigualdades por razón de sexo/género.
- Actuar en el ámbito de conocimiento propio valorando el impacto social, económico y medioambiental.
- Aplicar el método científico a la resolución de problemas.
- Aplicar los conocimientos teóricos a la práctica.
- Capacidad de análisis y síntesis.
- Conocer y aplicar las herramientas “ómicas” de genómica, transcriptómica y proteómica.
- Desarrollar el aprendizaje autónomo.
- Describir e identificar las características estructurales y funcionales de los ácidos nucleicos y proteínas incluyendo sus diferentes niveles de organización.
- Diseñar experimentos e interpretar los resultados.
- Introducir cambios en los métodos y los procesos del ámbito de conocimiento para dar respuestas innovadoras a las necesidades y demandas de la sociedad.
- Percibir la importancia estratégica, industrial y económica, de la genética y genómica en las ciencias de la vida, la salud y la sociedad.
- Razonar críticamente.
- Saber comunicar eficazmente, oralmente y por escrito.
- Utilizar y gestionar información bibliográfica o recursos informáticos o de Internet en el ámbito de estudio, en las lenguas propias y en inglés.
Resultados de aprendizaje
- Actuar con responsabilidad ética y con respeto por los derechos y deberes fundamentales, la diversidad y los valores democráticos.
- Actuar en el ámbito de conocimiento propio evaluando las desigualdades por razón de sexo/género.
- Actuar en el ámbito de conocimiento propio valorando el impacto social, económico y medioambiental.
- Aplicar el método científico a la resolución de problemas.
- Aplicar los conocimientos teóricos a la práctica.
- Argumentar la trascendencia de los avances en la generación e interpretación de datos a escala genómica para la comprensión y la manipulación tecnológica de los organismos.
- Desarrollar el aprendizaje autónomo.
- Desarrollar la capacidad de análisis y síntesis.
- Describir y aplicar los métodos de análisis de proteomas, de la genómica y de la proteómica funcionales.
- Diseñar experimentos e interpretar los resultados.
- Explicar y aplicar los métodos del análisis y anotación de genomas.
- Introducir cambios en los métodos y los procesos del ámbito de conocimiento para dar respuestas innovadoras a las necesidades y demandas de la sociedad.
- Razonar críticamente.
- Saber comunicar eficazmente, oralmente y por escrito.
- Utilizar las técnicas, las herramientas y las metodologías que permiten describir, analizar e interpretar la enormes cantidades de datos producidos por la tecnologías de gran rendimiento.
- Utilizar y gestionar información bibliográfica o recursos informáticos o de Internet en el ámbito de estudio, en las lenguas propias y en inglés.
Contenido
El estudiante trabajará los siguientes contenidos:
- Métodos para el estudio de la genómica
- Análisis genómicos
- Concepto de especie en procariotas y taxogenómica
- Genómica estructural y evolución de los genomas
- Genómica comparativa: Genoma fundamental y accesorio y pangenoma
- Genómica funcional: del genoma a la función
- Genómica poblacional de microrganismos
- Metagenómica, patogenómica y otras ómicas
- Retos actuales de la genómica microbiana y estudio de casos
Metodología
Esta asignatura se impartirá íntegramente siguiendo el método de aprendizaje basado en problemas (ABP). El grupo clase se dividirá en grupos reducidos que trabajarán de forma independiente tres problemas planteados por el profesorado. En el último módulo los equipos podrían escoger entre dos problemas diferentes. Cada uno de los problemas tendrá una duración aproximada de 15 sesiones, incluyendo las pruebas de evaluación.
El papel del estudiante consistirá en participar activamente en el grupo de trabajo, asignar entre los miembros del grupo las tareas de moderador de las reuniones de grupo, portavoz y coordinador de las actividades. Asimismo, también deberán trabajar individualmente para investigar, seleccionar y gestionar la información para compartir, discutir y reelaborar los nuevos conocimientos con su grupo de trabajo. Finalmente el grupo expondrá y discutirá con el resto de la clase los conocimientos adquiridos, su aplicación en el contexto del problema y en otros contextos.
El papel del profesorado consistirá en facilitar el proceso de aprendizaje, estimular las discusiones del grupo y el pensamiento crítico, proporcionar las herramientas necesarias para que los estudiantes puedan construir conocimiento y orientarlos. En caso necesario, el profesorado impartirá alguna clase magistral participativa. Como actividades supervisadas de la asignatura se podrán realizar tutorías en grupos o individuales para dar soporte a las actividades formativas mencionadas anteriormente. Al inicio del curso, el profesorado explicará a los estudiantes la organización de la asignatura y entregará las pautas de trabajo.
Nota: se reservarán 15 minutos de una clase dentro del calendario establecido por el centro o por la titulación para que el alumnado rellene las encuestas de evaluación de la actuación del profesorado y de evaluación de la asignatura o módulo.
Actividades
| Título | Horas | ECTS | Resultados de aprendizaje |
|---|---|---|---|
| Tipo: Dirigidas | |||
| Aprendizaje basado en problemas | 40 | 1,6 | 1, 2, 3, 4, 5, 6, 9, 7, 10, 11, 12, 13, 14, 8, 16, 15 |
| Tipo: Supervisadas | |||
| Tutorías | 3 | 0,12 | 6, 9, 10, 11, 13, 8, 15 |
| Tipo: Autónomas | |||
| Búsqueda y gestión de la información | 20 | 0,8 | 8, 16 |
| Integrar información y emitir hipótesis | 20 | 0,8 | 4, 5, 6, 9, 7, 10, 11, 13, 14, 8, 16, 15 |
| Lectura de textos especializados | 40 | 1,6 | 7, 13, 8, 16 |
| Preparación del plan de trabajo, informes y las exposiciones orales | 21 | 0,84 | 5, 6, 9, 7, 10, 11, 13, 14, 8, 16, 15 |
Evaluación
La evaluación de la asignatura consta de tres módulos, en cada uno de ellos se resolverá un problema planteado. La evaluación de cada módulo se hará según la siguiente distribución:
1. Evaluación individual escrita: Consistente en una prueba escrita específica donde se valoran fundamentalmente los conceptos, metodologías y las competencias específicas de la asignatura trabajadas en el problema planteado. La nota máxima es de 5 puntos sobre 10 para cada problema.
2. Entregas y/o informes asociados al problema planteado. El informe puede consistir en un trabajo escrito y/o la exposición oral del mismo. En algunos casos se realizarán co-evaluaciones de las entregas y/o informes de otros estudiantes. La nota máxima para este apartado es de 4 puntos sobre 10 para cada problema, distribuidos en las diferentes entregas, informes y/o actividades de co-evaluación. El número y peso específico de las entregas e informes se indicará en la sesión de presentación del problema.
3. Autoevaluación del grupo: el grupo de trabajo deberá evaluar su funcionamiento en la resolución del problema. La nota máxima es de 0,5 puntos sobre 10.
4. Autovaluació individual: cada miembro del grupo deberá evaluarse a sí mismo y al resto de compañeros del grupo en el que ha trabajado y de la clase. La nota máxima es de 0,5 puntos sobre 10.
Para superar cada módulo el estudiante debe obtener una nota igual o superior a 4,5 puntos en la evaluación individual escrita. En caso de no superar alguna de las evaluaciones individuales escritas, el estudiante podrá recuperarla en la evaluación de recuperación programada. Para participar en la recuperación el alumno debe haber sido previamenteevaluado en un conjunto de actividades el peso de las cuales equivalga a un mínimo de dos terceras partes de la cualificación total de la asignatura.
La falta no justificada o el no aprovechamiento de las sesiones de aula pueden restar hasta 1 punto de la nota final de la asignatura. Para superar la asignatura es obligatoria la asistencia a un mínimo de 20 sesiones de aula, incluyendo la asistencia a las sesiones de trabajo del grupo clase, cuya fecha de celebración será establecida por el profesorado durante el desarrollo de la asignatura.
La asignatura se supera cuando la nota media de las actividades de evaluación es igual o superior a 5.
El alumno obtendrá la calificación de "No Evaluable" cuando las actividades de evaluación realizadas tengan una ponderación inferior al 67% en la calificación final.
Actividades de evaluación
| Título | Peso | Horas | ECTS | Resultados de aprendizaje |
|---|---|---|---|---|
| Auto-evaluación individual | 5% | 0,5 | 0,02 | 4, 5, 6, 9, 7, 10, 11, 13, 14, 8, 16, 15 |
| Autoevaluación de grupo | 5% | 1 | 0,04 | 4, 5, 6, 9, 7, 10, 11, 13, 14, 8, 16, 15 |
| Evaluación de entregas y/o informes | 30% | 0 | 0 | 1, 2, 3, 4, 5, 6, 9, 7, 10, 11, 12, 13, 14, 8, 16, 15 |
| Prueba individual del Caso 1 | 20% | 1,5 | 0,06 | 4, 5, 6, 9, 10, 11, 13, 14, 8, 16, 15 |
| Prueba individual del Caso 2 | 20% | 1,5 | 0,06 | 4, 5, 6, 9, 7, 10, 11, 13, 14, 8, 16, 15 |
| Prueba individual del Caso 3 | 20% | 1,5 | 0,06 | 4, 5, 6, 9, 7, 10, 11, 13, 14, 8, 16, 15 |
Bibliografía
Es responsabilidad del estudiante buscar la bibliografía necesaria para la resolución de los problemas planteados. Para hacerlo podrá ser asesorado por el profesorado. Aun así se recomiendan los siguientes libros de texto para conceptos básicos de la genómica y casos de estudio.
- Genome and Genomics: From Archaea to Eukaryotes. Chaitanya, K. V. 2019. Singapore: Springer Singapore Pte. Limited. https://bibcercador.uab.cat/permalink/34CSUC_UAB/1c3utr0/cdi_askewsholts_vlebooks_9789811507021
- The Pangenome Diversity, Dynamics and Evolution of Genomes / Edited by Hervé Tettelin, Duccio Medini. Ed. Hervé. Tettelin and Duccio. Medini. 1st ed. 2020. Cham: Springer International Publishing. https://bibcercador.uab.cat/permalink/34CSUC_UAB/1eqfv2p/alma991010360498206709
- Population Genomics: Microorganisms Edited by Martin F. Polz, Om P. Rajora. Ed. Martin F. Polz and Om P. Rajora. 1st ed. 2019. Cham: Springer International Publishing. https://bibcercador.uab.cat/permalink/34CSUC_UAB/1eqfv2p/alma991010404004706709
- Bacterial Pathogenomics. Editor(s):Mark J. Pallen Editor-in-chief, Karen E. Nelson, Gail M. John Wiley & Sons, Inc., 2014. https://bibcercador.uab.cat/permalink/34CSUC_UAB/1eqfv2p/alma991010350952606709
- Microbial Functional Genomics. Zhou, Jizhong, Dorothea K Thompson, and James M Tiedje. 2004. Hoboken: John Wiley & Sons, Incorporated. https://bibcercador.uab.cat/permalink/34CSUC_UAB/1c3utr0/cdi_proquest_ebookcentral_EBC3056645
Software
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