Titulación | Tipo | Curso | Semestre |
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4313473 Bioinformática / Bioinformatics | OB | 0 | 1 |
Para el desarrollo general del curso, se recomienda tener un nivel B2 de inglés o similar.
Para el módulo de programación es muy recomendable tener nociones básicas de Linux como usuario (conocer las herramientas básicas de gestión y edición de carpetas y ficheros).
Los objetivos generales de este módulo son la aplicación de las herramientas y técnicas bàsicas para el desarrollo en esta área. Se trabajan las capacidades de resolver retos y adaptarse a las tecnologías y paradigmas de la bioinformática.
1. Linux (comandos y shell scripting)
Comandos básicos, manejo a nivel de usuario, gestión de software y sistema de ficheros
Herramientas de procesamiento de texto y manipulación de datos
Redirecciones, tuberias y filtros
Shell scripting en Bash
2. Lenguajes de programación
Introducción a la programación en Python para Bioinformática
Variables, expresiones, tipos de datos, operadores, construcciones programáticas y contextos
Funciones, módulos y subrutinas
Programación recursiva
Entrada/Salida
Depuración de código
Otros lenguajes de programación: R
3. Estructuras de datos y procesamiento de datos
Estructuras de datos básicas (cadenas, listas, tuplas, conjuntos y dictionarios)
Estructuras de datos anidadas y objetos
Árboles y grafos
Modelado y representación de datos en bioinformática
Formatos básicos en bioinformática (FASTQ, SAM, VCF)
Expresiones regulares
4. Algoritmos en bioinformática
Introducción a la complejidad algorítmica
Algoritmos de divide y vencerás
Enumeración combinatoria y backtracking
Programación dinámica
5. Herramientas y librerias en bioinformática
Herramientas para la visualización de datos
Introducción a Biopython
Introducción a NumPy y Pandas
*A menos que las restricciones impuestas por las autoridades sanitarias obliguen a una priorización o reducción de estos contenidos.
La metodología combinará el trabajo en el aula, la solución de problemas en el aula de forma supervisada, el trabajo en el aula de forma no supervisada y el trabajo a realizar de forma individual a partir de las lecturas recomendadas y entregas a realizar. Se utilizará una plataforma virtual para la entrega de los informes de los trabajos.
*La metodología docente propuesta puede experimentar alguna modificación en función de las restricciones a la presencialidad que impongan las autoridades sanitarias.
Nota: se reservarán 15 minutos de una clase dentro del calendario establecido por el centro o por la titulación para que el alumnado rellene las encuestas de evaluación de la actuación del profesorado y de evaluación de la asignatura o módulo.
Título | Horas | ECTS | Resultados de aprendizaje |
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Tipo: Dirigidas | |||
Solución de problemas en el aula | 14 | 0,56 | 1, 3, 6, 9, 8, 7 |
Trabajo realizado en el aula | 20 | 0,8 | 1, 2, 4, 6, 9, 8 |
Trabajo realizado en el laboratorio | 12 | 0,48 | 1, 4, 5, 6, 8, 10 |
Tipo: Supervisadas | |||
Trabajo realizado en el laboratorio a partir de las lecturas recomendadas | 15 | 0,6 | 1, 5, 9, 8, 10 |
Tipo: Autónomas | |||
Trabajo realizado de forma semanal sobre los entregables y materiales proporcionados | 83 | 3,32 | 1, 2, 6, 9, 10 |
La metodología combinará el trabajo en clase, la solución de problemas en clase, el trabajo autónomo en el laboratorio y fuera del mismo. Se utilizarán las plataformas virtuales para el seguimiento del curso. Ninguna de las actividades de evaluación individuales representará más del 50% de la nota final.
Examen de recuperación
Para poder participar en el proceso de recuperación, el alumno deberá previamente haber participado en como mínimo el equivalente a dos tercios de la nota final del módulo en actividades de evaluación. El profesorado informará de los procedimientos y plazos para el proceso de recuperación. Nótese que las actividades realizadas dentro de clase de forma continua no pueden recuperarse.
No evaluable
El alumno será calificado como “No evaluable” cuando el peso de la evaluación en la que ha participado sea inferior al equivalente al 67% de la nota final del módulo.
*La evaluación propuesta puede experimentar alguna modificación en función de las restricciones a la presencialidad que impongan las autoridades sanitarias.
Título | Peso | Horas | ECTS | Resultados de aprendizaje |
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Evaluación del trabajo realizado por el alumno durante el módulo | 10% | 1 | 0,04 | 1, 3, 5, 6, 9, 10, 7 |
Exámen final | 30% | 1 | 0,04 | 1, 9, 8 |
Exámenes individuales teóricos y prácticos | 50% | 2 | 0,08 | 1, 2, 4, 9, 8 |
Trabajo en el laboratorio. Individual y en grupo | 10% | 2 | 0,08 | 1, 2, 4, 5, 6, 9, 10 |
Páginas web de referencia
Recursos de bioinformática e informática en la biblioteca electrónica de la UAB
Linux (Ubuntu, Bash, linux-tools, etc)
Python 2.7/3.x
Jupyter Notebook / PyCharm
R/RStudio
Matplotlib/Seaborn
Numpy/Pandas