Titulació | Tipus | Curs | Semestre |
---|---|---|---|
2500890 Genètica | OT | 4 | 0 |
El propòsit d'aquesta assignatura és cobrir temes bàsics de la bioinformàtica en forma de tallers pràctics, workshops i conferències impartides per experts. No és una assignatura acumulativa sinó transversal, on l'objectiu és proporcionar als estudiants l'àmplia gamma de conceptes i enfocaments que abarca la bioinformàtica.
L'objectiu principal és el de proporcionar als estudiants els coneixements i habilitats necessàries per aplicar la bioinformàtica en diferents àrees de la investigació genòmica i per extensió altres òmiques. La matèria impartida i les activitats realitzades durant aquest curs subministren una perspectiva global del potencial de la bioinformàtica tant en l'àmbit de la recerca bàsica com l'aplicada.
L'assignatura es compon de sessions teòriques-pràctiques, conferències i workshops impartits per reconeguts especialistes en les diferents matèries i àmbits1.
Sessions teoricopràctiques (~12h)
Es duran a terme a l'aula d'informàtica2. Els alumnes treballaran tant de manera individual com en grup (3-4 alumnes) promovent un aprenentatge actiu que permeti desenvolupar la capacitat d'anàlisi i síntesi, el raonament crític i la capacitat de resolució de problemes.
Estem a punt d’iniciar un viatge cap a la bioinformàtica real. L’assignatura es divideix en una sèrie de quatre activitats de formació pràctica que mostraran els fluxos de treball bàsics en bioinformàtica: des de la gestió i el processament de dades amb Linux, la visualització i les anàlisis funcionals posteriors. Les pràctiques es divideixen en dues grans parts. Part I: Conceptes bàsics sobre els fluxos de treball de bioinformàtica i Part II: Resolució de casos reals de genòmica.
Aquestes pràctiques pretenen també adquirir altres habilitats, molt valuoses en la investigació però poques vegades experimentades durant el Grau, com ara col·laborar, aprendre a transformar les dades en visualitzacions efectives per comunicar i fer una investigació reproduïble.
Títol |
Descripció i resultats de l’aprenentatge |
|
Introduction |
Presentació de l’assignatura:organització, metodologia, preparacions prèvies, creació de grups i avaluació de l'assignatura |
|
P1. Basics on Bioinformatics workflows |
Data management and processing |
Learning Linux for Bioinformatics - Aprendrem a tractar dades crues a través de comandes de bash, un llenguatge molt potent de Linux. |
Data exploration and visualization |
Data explorationand visualization - Aprendrem a representar dades biològiques en un missatge clar, una visualització, i extreure’n informació de les mateixes. Utilitzarem ggplot2, un paquet de R. |
|
P2. Solving real cases in genomics |
Genome-Wide Association studies |
Which are the variants behind three common human diseases? Realitzarem un estudi d’associació del genoma complet amb R per detectar SNPs associats amb malalties humanes complexes. |
Transcriptomic analyses |
Finding differentiantly expressed genes in cancer. Realitzarem un anàlisi d'expressió diferencial utilitzant dades de càncer. |
|
Tutoria* |
*S'implantaren dues sessions extres de dues hores segons les necessitatsde l'estudiant i les dificultats dels casos. |
Conferències convidades (10h)
Assistència a almenys quatre conferències (2h/conferència) d'experts convidats en l'àmbit de la bioinformàtica que seran impartides en anglès.
Tallers (workshops) (7h)
Títol |
Ponent |
Data aproximada3 |
¿Cómo podemos analizar elgenoma delcáncer? |
Claudia Arnedo |
Novembre 2021 |
Cómo sobrevivir a un doctorado. |
Edgar Garriga |
Desembre 2021 |
¡Esto no me lo habían dicho! Lo que no está escrito sobre la cultura científica. |
Rosana Garrido |
Gener 2022 |
1Llevat que les restriccions imposades per les autoritats sanitàries obliguin a una priorització o reducció d’aquests continguts.
2Llevat que les restriccions imposades per les autoritats sanitàries obliguin a realitzar-les en l'aula de teoria normal amb un ordinador portàtil.
3Les dates definitives s’aniran actualitzant al calendari i seran avisades a través de les eines de comunicació de l’espai del Moodle. Les conferències seran virtuals i podran ser gravades.
Activitats d'aprenentatge presencials i aprenentatge autònom
S'implementarà una experiència d'aprenentatge cooperatiu, en concret es seguirà la metodologia Puzzle: es proporciona conjunts de dades i procediments de manera distribuïda a grups reduïts. Cada grup ha de gestionar i resoldre casos pràctics de forma autònoma.
Cada mòdul treballarà en paral·lel conceptes similars a través de casos pràctics reals, de manera que un cop finalitzats els estudiants intercanviaran informació sobre la metodologia escollida, el seu desenvolupament i els resultats obtinguts, tractant d'aconseguir una cooperació efectiva entre els estudiants. Els membres de cada grup coneixeran a fons la informació que els correspon. S'efectuarà una exposició i/o redacció d'un portafolis a través del qual la resta de grups comprengui les característiques i fonaments de cada anàlisi. Les quatres sessions de pràctiques estaran vinculades entre si, ja que els resultats o la metodologia d'una pràctica serviran per a la següent.
La participació activa, la gestió del treball, així com la discussió dels coneixements adquirits formaran una part vital en el paper exercit de cada alumne.
Conferències i tallers
S'impartiran un total de 5 conferències per experts en els seus camps d'investigació o laboral que oferiran una visió real de la bioinformàtica com una peça clau en la resolució de qüestions d'investigacions biològiques bàsiques i aplicades. Es farà èmfasi en la importància del tractament de dades en l'era actual del big data.
Els tres tallers consistiran de tres sessions que tractaran de tres aspectes d'interès pràctic, com sobreviure el doctorat, com divulgar ciència amb un exemple real i com funciona el món científic.
*La metodologia docent proposada pot experimentar alguna modificació en funció de les restriccions a la presencialitat que imposin les autoritats sanitàries.
Nota: es reservaran 15 minuts d'una classe, dins del calendari establert pel centre/titulació, per a la complementació per part de l'alumnat de les enquestes d'avaluació de l'actuació del professorat i d'avaluació de l'assignatura/mòdul.
Títol | Hores | ECTS | Resultats d'aprenentatge |
---|---|---|---|
Tipus: Dirigides | |||
Tallers | 7 | 0,28 | 2, 4, 6, 7 |
Conferències | 10 | 0,4 | 1, 3, 4, 5 |
Sessions teòrica-pràctiques | 12 | 0,48 | 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 |
Tipus: Supervisades | |||
Portafoli | 20 | 0,8 | 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 |
Tipus: Autònomes | |||
Estudi/resolució problemes | 25 | 1 | 2, 5, 6, 10, 11, 12 |
L'avaluació es realitzarà a través del lliurament de quatre portafolis i l'exposició d'un tema de bioinformàtica a escollir per l'alumne.
Portafolis (70%). A cada portafolis s'exposarà els fonaments bàsics de les dades analitzades, les eines utilitzades, el desenvolupament de la metodologia, així com una discussió sobre el resultat final del lliurament. Cada portafolis tindrà el mateix pes en l'avaluació final.
Exposició (20%). Cada grup realitzarà una exposició oral de 20 minuts.
Assistència i participació (10%).
L'assignatura se supera quan la nota mitjana de les activitats d'avaluació és igual o superior a 5. El caràcter continuat i transversal d'aquesta avaluació fa que no es pugui avaluar l'assignatura si la participació mínima de l'alumnat és inferior a un 80% de les sessions propostes.
*L’avaluació proposada pot experimentar alguna modificació en funció de les restriccions a la presencialitat que imposin les autoritats sanitàries.
Títol | Pes | Hores | ECTS | Resultats d'aprenentatge |
---|---|---|---|---|
Assistència i participació activa | 10% | 0 | 0 | 1, 2, 3, 4, 6, 7, 8, 9 |
Exposició seminari | 20% | 1 | 0,04 | 1, 3, 4, 6, 7, 10 |
Portafolis | 70% | 0 | 0 | 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 |
Llibres
Articles
Enllaços