Titulació | Tipus | Curs | Semestre |
---|---|---|---|
2500250 Biologia | OB | 3 | 1 |
Tot i que no hi ha cap prerequisit oficial, s'aconsella als estudiants revisar els conceptes que es refereixen al món microbià, estudiats prèviament. Així mateix, és convenient tenir un bon coneixement de les assignatures prèviament cursades del grau de Biologia.
Per poder cursar el mòdul de les pràctiques de laboratori d'aquesta assignatura cal que l’estudiant hagi superat la prova de Seguretat i de Bioseguretat que trobarà en el corresponent espai docent del Campus Virtual. Cal presentar imprès, el primer dia de pràctiques, els documents pdf generats al superar els tests. També, cal ser coneixedor i acceptar les normes de funcionament dels laboratoris de la Facultat de Biociències. A més a més, és imprescindible que l’estudiant segueixi la normativa de treball que indiqui el professorat. Per raons de seguretat, si no s’han superat els dos tests, o bé no es porta bata i ulleres de seguretat no es permetrà l’accés al laboratori.
Es tracta d’una assignatura obligatòria de tercer curs del Grau de Biologia, que introdueix als estudiants en el coneixement bàsic de la diversitat procariota i vírica, fent èmfasi especial en les seves características estructurals, i ecofisiològiques, així com en la seva importància biotecnològica, i en la necessitat d’actualització constant d’informació a través de les bases de dades bibliogràfiques.
L’objectiu principal de l’assignatura és proporcionar la formació bàsica per l’estudi de la diversitat microbiana, la fisiologia i el metabolisme dels principals grups de procariotes i de virus.
Els objectius concrets de l’assignatura són els següents:
Diversitat de Procariotes
Tema 1. Introducció a la diversitat procariòtica
Què s'entén per diversitat en procariotes? Diversitat funcional com a concepte.
Tema 2. Filogènia i sistemàtica microbiana
Filogènia molecular. Concepte d’espècie. Classificació, nomenclatura i identificació. Sistemes de classificació. Taxonomia polifàsica: mètodes fenotípics, genotípics i filogenètics. Unitats de classificació. Manual Bergey de sistemàtica bacteriana. Col·leccions de cultius.
Tema 3. Diversitat d’Arqueus
Particularitats estructurals. Filogènia i metabolisme. Principals grups fisiològics i gèneres clau. Importància aplicada.
Tema 4. Diversitat de bacteris
Característiques ecofisiològiques dels diferents grups. Principals grups fototròfics, quimiolitotròfics i quimioorganotròfics i la seva importància. Gèneres clau.
Tema 5. Extensió de la diversitat procariòtica
Què coneixem de la diversitat dels procariotes? Eines actuals disponibles per determinar la diversitat oculta de bacteris i arqueus.
Diversitat vírica
Tema 6. Introducció: la virologia i els seus orígens
Fets rellevants en la història de la virologia. L’erradicació de la verola i el risc de re-emergència. Aspectes clínics i biotecnològics de la virologia. Bioterrorisme.
Tema 7. Naturalesa dels virus i metodologia virològica
Parasitisme estricte, multiplicació i transmissió. La diversitat vírica. El cicle víric. Obtenció de partícules víriques. Anàlisi quantitatiu de partícules víriques. Detecció de components vírics i aplicacions en la metodologia diagnòstica. La seguretat biològica. Nivells de contenció: P1 a P4.
Tema 8. El virió: partícules víriques i els seus genomes
La partícula vírica. Funcions de la càpsida. Morfologia de les partícules víriques. Llocs d'unió a receptors. Composició química, estructura i organització del genoma víric: gens estructurals i no estructurals. Principi d'economia i complexitat dels genomes vírics. Recombinació, reorganització i mescla fenotípica.
Tema 9. El cicle víric
Reconeixement cel·lular. Internalització. Decapsidació. Aturada de la biosíntesi cel·lular. Síntesi de RNA, DNA i proteïnes víriques: seqüències temporals. Efectes citopàtics. Sortida de partícules víriques. Apoptosi. Transformació cel·lular i oncogènesi. Infeccions productives i no productives. Cicles lítics versus cicles lisogènics.
Tema 10. Origen i evolució dels virus
Origen dels virus; teories regressives i a favor d'un origen cel·lular. Mecanismes de generació de diversitat. Freqüències de mutació i abundància relativa de mutants. Fixació de mutacions. Replicases víriques i fidelitat de còpia. Variabilitat i evolució en virus RNA i retrovirus. Les quasiespècies víriques.Evolució i potencial evolutiu. Efectes fundacionals i colls d'ampolla. Divergència genètica i antigènica; el virus de la grip. Anàlisi de la filogènia vírica.
Tema 11. Principis de taxonomia vírica
Primeres classificacions de virus: classificació de Baltimore de virus animals. El Comitè Internacional de Taxonomia de Virus i el sistema de classificació. Propietats víriques usades en taxonomia.
Tema 12. Virus de DNA de doble cadena (Classe I)
El cicle dels poliomavirus i papil·lomavirus. Aspectes mèdics: transformació cel·lular i oncogènesi. El cicle dels adenovirus. Aspectes mèdics: adenovirus recombinants. El cicle dels herpesvirus. Aspectes mèdics: infeccions latents. Malalties causades per herpesvirus. El cicle dels poxvirus. Aspectes mèdics: el virus de la verola (“smallpox”). Erradicació de la verola. Bioterrorisme.
Tema 13. Virus de DNA de cadena única (Classe II)
El cicle dels parvovirus. Aspectes mèdics: el parvovirus B19.
Tema 14. Virus d’RNA de doble cadena (Classe III)
El cicle dels reovirus. Aspectes mèdics: rotavirus.
Tema 15. Virus d’RNA de cadena única (+) (Classe IV)
El cicle dels picornavirus. Aspectes mèdics:poliovirus, rinovirus i el virus de l’hepatitis A. El cicle dels flavivirus. Aspectes mèdics: el virus de l’hepatitis C, virus del dengue i del Zika. El cicle dels coronavirus. Aspectes mèdics: la SARS, la MERS i la COVID-19.
Tema 16. Virus d’RNA de cadena única (-) (Classe V)
El cicle dels rabdovirus. Aspectes mèdics: virus de la ràbia. El cicle dels paramyxovirus. Aspectes mèdics: el xarampió (“measles”) i les galteres (“mumps”). El cicle dels ortomixovirus. Aspectes mèdics: el virus de la grip. L’epidèmia del 1918. Origen de les epidèmies i pandèmies: canvis i salts antigènics. La grip aviar i la seva transmissió als humans. El cicle dels filovirus. Aspectes mèdics: el virus de l’Ebola.
Tema 17. Els retrovirus (Classe VI)
El cicle dels retrovirus. Aspectes mèdics: oncogènesi. El gènere Lentivirus: els virus de la immunodeficiència humana.
Tema 18. Els hepadnavirus (Classe VII)
El cicle dels hepadnavirus: retrovirus de DNA. Aspectes mèdics: el virus de l’hepatitis B.
*Llevat que les restriccions imposades per les autoritats sanitàries obliguin a una priorització o reducció d’aquests continguts.
L’assignatura consta de tres mòduls, els quals s’han programat de forma integrada de manera que l’estudiant haurà de relacionar al llarg de tot el curs el contingut i les activitats programades per tal d’assolir les competències indicades en aquesta guia.
Es combinaran diverses estratègies d'aprenentatge:
Classes teòriques participatives: L’estudiant ha d’adquirir els coneixements científico-tècnics propis d’aquesta assignatura assistint a aquestes classes i complementant-les amb l’estudi personal dels temes explicats. A l'inici del curs es lliurarà a l’estudiant un calendari detallat dels temes que es tractaran al llarg del curs, així com de la bibliografia que haurà de consultar per preparar cada classe teòrica i per a l’estudi personal dels temes explicats. La impartició de cada tema es basarà en una exposició teòrica i en una breu discussió del mateix.
Classes de problemes/seminaris: Aquestes classes són sessions amb la missió de: a) treballar aspectes metodològics, b) facilitar la comprensió dels coneixements exposats en les classes teòriques, c) capacitar a l’estudiant per dissenyar experiments bàsics i d) fer de pont entre les classes teòriques participatives i el treball pràctic de laboratori, amb l’objectiu d’integrar els coneixements teòrics amb els pràctics. L’estudiant treballarà casos pràctics concrets que haurà d’anar desenvolupant durant el curs. A més, també s’indicarà la bibliografia que haurà de consultar i la relació de cada sessió amb els temes tractats en les classes teòriques participatives.
Classes pràctiques de laboratori: Els objectius d'aquestes activitats són: a) facilitat la comprensió dels coneixements exposats a les classes teòriques, b) aplicar els coneixements desenvolupats en les sessions de problemes/seminaris, c) adquirir destresa manual, d) interpretar resultats i e) adquirir l'habilitat de treballar amb microorganismes. L'assistència a les classes és obligatòria per tal de poder adquirir les competències de l'assignatura. Per poder assistir-hi cal que l’estudiant hagi superat la prova de Seguretat i de Bioseguretat que trobarà en el corresponent espai docent de l'Aula Moodle. Cal presentar imprès, el primer dia de classe, els documents pdf generats al superar els tests. També, cal ser coneixedor i acceptar les normes de funcionament dels laboratoris de la Facultat de Biociències. A més a més, és imprescindible que l’estudiant segueixi la normativa de treball que indiqui el professorat. Per raons de seguretat, si no s’han superat els dos tests, o bé no es porta bata i ulleres de seguretat no es permetrà l’accés al laboratori. Per aconseguir un bon rendiment i adquirir les competències corresponents a aquesta activitat és imprescindible que l'estudiant faci una lectura comprensiva de les pràctiques proposades abans de la seva realització.
Informació addicional
Per tal de donar suport a les activitats formatives indicades anteriorment, es podran programar sessions de tutoria d'aula, a petició dels alumnes. Així mateix, els alumnes podran realitzar tutories individuals al despatx dels professors Jose Luis Corchero Nieto (IBF-112.1) i Maira Martínez-Alonso (C3-329).
L'estudiant disposarà a l'aula Moodle de l'assignatura de tota la documentació que facilitarà el professor per a un bon seguiment de la mateixa. També podrà consultar l'espai docent de la Coordinació de Grau per obtenir informació actualitzada referent al grau.
*La metodologia docent proposada pot experimentar alguna modificació en funció de les restriccions a la presencialitat que imposin les autoritats sanitàries.
Títol | Hores | ECTS | Resultats d'aprenentatge |
---|---|---|---|
Tipus: Dirigides | |||
Classes de problemes/seminaris | 8 | 0,32 | 3, 8, 9, 11, 12, 13, 14, 16, 17, 18 |
Classes pràctiques de laboratori | 12 | 0,48 | 3, 4, 5, 8, 11, 12, 13, 14 |
Classes teoria | 31 | 1,24 | 1, 2, 3, 6, 7, 8, 9, 15 |
Tipus: Supervisades | |||
Tutories individuals/en grup | 2 | 0,08 | 1, 2, 6, 7, 11, 15, 16 |
Tipus: Autònomes | |||
Estudi | 50 | 2 | 2, 3, 6, 7, 15, 16 |
Lectura de textos | 12 | 0,48 | 3, 6, 7, 9, 15, 16 |
Preparació i redacció de treballs | 20 | 0,8 | 1, 2, 3, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 13, 14, 15, 16, 18 |
Recerca bibliogràfica | 9 | 0,36 | 10, 11, 16, 18 |
L'avaluació de l'assignatura serà continuada a través de les següents proves:
Mòdul d'avaluació de les classes teòriques (60% de la nota global): Al llarg del curs es programaran dues proves escrites d'avaluació d'aquest mòdul. Cadascuna de les proves tindrà un pes del 50% de la nota del mòdul (30% i 30%), però només es farà la mitjana si la nota de les proves és igual o superior a 5; en cas contrari, l’estudiant haurà de realitzar un examen de recuperació de la prova escrita no superada.
Cada prova constarà de preguntes de resposta curta, dirigides a valorar si s’han assolit els objectius conceptuals clau, i/o preguntes tipus test d'elecció múltiple, que permetran valorar una gran part dels continguts.
Mòdul d'avaluació dels seminaris (20% de la nota global): L'avaluació inclourà els següents aspectes:
Realització d'una prova escrita (10% de la nota global).
Presentació oral d'un treball (10% de la nota global).
Només es farà la mitjana si la nota de les proves és igual o superior a 5.
Mòdul d'avaluació de les Pràctiques (20% de la nota global): L'avaluació inclourà els següents aspectes:
Realització d'un qüestionari i seguiment de les habilitats pràctiques adquiridas que consistirà en el lliurament de diferents resultats dal professorat el treball realitzat durant les sessions de laboratori (2% de la nota global).
Presentació oral dels resultats (8% de la nota global)
Prova escrita (10% de la nota global) que constarà de preguntes tipus test d'elecció múltiple.
Només es farà la mitjana si la nota de les proves és igual o superior a 5.
*L’avaluació proposada pot experimentar alguna modificació en funció de les restriccions a la presencialitat que imposin les autoritats sanitàries.
Consideracions finals:
Títol | Pes | Hores | ECTS | Resultats d'aprenentatge |
---|---|---|---|---|
Avaluació de Seminaris/Problemes | 20 | 1 | 0,04 | 3, 8, 9, 12, 13, 14, 16, 17, 18 |
Avaluació de pràciques de laboratori | 20 | 1 | 0,04 | 3, 4, 5, 8, 12 |
Avaluació de teoria I | 30 | 2 | 0,08 | 1, 2, 6, 7, 10, 11, 15 |
Avaluació de teoria II | 30 | 2 | 0,08 | 1, 2, 6, 7, 10, 11, 15 |
Llibres recomanats:
- James W. Brown. 2015. Principles of microbial diversity. 1ª ed. ASM Press.
- Madigan MT, Martinko JM, Bender KS, Buckley DH, Stahl DA. 2015. Brock Biología de los Microorganismos. 14ª ed. Pearson Education.
- Madigan MT, Martinko JM, Bender KS, Buckley DH, Stahl DA. 2015. Brock Biología de los Microorganismos. 14ª ed. Pearson Education. http://www.ingebook.com/ib/NPcd/IB_BooksVis?cod_primaria=1000187&codigo_libro=5850
- Madigan MT, Bender KS, Buckley DH, Sattley WM, Stahl DA. 2019. Brock Biology of Microorganisms. 15th ed. Pearson SA.
- Martín A, Béjar V, Gutiérrez JC, Llagostera M, Quesada E. 2019. Microbiología Esencial. 1ª ed. Editorial Médica Panamericana. https://www.medicapanamericana.com/VisorEbookV2/Ebook/9788491102427
- Ogunseitan O. 2008. Microbial diversity. Form and function in Prokaryotes. Blackwell Publishing. https://onlinelibrary.wiley.com/book/10.1002/9780470750490
- Staley JT, Reysenbach AL. 2002. Biodiversity of microbial life: foundation of earth's biosphere. Willey-Liss, Inc, New York.
- Willey J, Sherwood LM, Woolverton CJ. 2008. Microbiología de Prescott, Harley y Klein. 7ª ed. MacGraw-Hill.
- Willey JM, Sherwood LM, Woolverton CJ. 2017. Prescott's Microbiology. 10th ed. MacGraw-Hill.
- Cann A J. 2016. Principles of molecular virology. (6th Ed). Academic Press. London.
- Cann A J. 2012. Principles of molecular virology. (5th Ed). Academic Press. London. https://www.sciencedirect.com/science/book/9780123849397
- Cann A J. 2009. Principios de virologia molecular. Acribia, DL.
- Flint SJ, Rall GF, Racaniello VR, Skalka AM, Enquist LW. 2015. Principles of virology: Molecular biology, pathogenesis and control. (4rd Ed). ASM Press. Washington.
- Flint SJ, Rall GF, Racaniello VR, Skalka AM, Enquist LW. 2015. Principles of virology, V.1, ASM Press, Washington DC. https://ebookcentral.proquest.com/lib/uab/reader.action?docID=6037145
- Flint SJ, Rall GF, Racaniello VR, Skalka AM, Enquist LW. 2015. Principles of virology, V.2, ASM Press, Washington, DC. https://ebookcentral.proquest.com/lib/uab/reader.action?docID=6029122
- Wagner EK, HewlettMJ, Bloom DC, Camerini D. 2008. Basic virology. 3rd Ed. Blackwell Science, Massachusetts
- Dimmock NJ, Easton AJ, Leppard KN. 2016. Introduction to modern virology. (7th Ed). Blackwell Publishing. Oxford.
- Oxford JS, Kellam P, Collier L. 2016. Human virology. (5th Ed). Oxford University Press. Oxford.
- Collier L, Oxford J. 2014. Virología humana : texto para estudiantes de medicina, odontología y microbiología. 3ª Ed. McGraw-Hill, México. http://www.ingebook.com/ib/NPcd/IB_BooksVis?cod_primaria=1000187&codigo_libro=5244
- Shors T. 2009. VIRUS. Estudio molecular con orientación clínica. Bogotà-Madrid.
- Louten J. 2016. Essential human virology. Elsevier
- Tennant P, Fermin G, Foster JE. 2018. Viruses; molecular biology, host interactions, and applications to biotechnology. Academic Press. https://www.sciencedirect.com/science/book/9780128112571
- E. Domingo. 2015. Virus as Populations: Composition, Complexity, Dynamics, and Biological Implications. Academic Press. https://www.sciencedirect.com/science/book/9780128163313
Llibres complementaris:
- The Prokaryotes.
Rosenberg E, DeLong EF, Lory S, Stackebrandt E, Thompson F (Editors). 2013-14.The Prokaryotes. Fourth Edition. 11 vol. Springer, New York.
- The Prokaryotes: a handbook on the biology of bacteria
Dworkin M, Falkow S, Rosenberg E, Schleifer KH, Stackebrandt E (Editors). 2006. Third Edition. 7 vol. Springer, New York. https://link.springer.com/search?query=the+prokaryotes&facet-content-type=%22ReferenceWork%22&from=SL
- Bergey's Manual® of Systematic Bacteriology
Garrity G (Ed.) 2001-2012. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Second Edition. 5 vol. Springer,
Volume package:
- Bergey's Manual® of Systematics of Archaea and Bacteria
Whitman WB (Ed.). 2015. Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (digital Ed.). First Edition. John Wiley & Sons, Inc. http://wileyonlinelibrary.com/ref/bergeysmanual
- Encyclopedia of virology
Granoff A, Webster RG. 2008. Encyclopedia of virology (on-line Ed.) Academic Press. London. http://www.sciencedirect.com/science/referenceworks/0122270304
Webs d'interès: